两种分子分型技术在乳制品克诺罗杆菌污染溯源分析上的比较

对2005-2006年进口婴幼儿配方奶粉等乳制品的原料及产品中分离获得的49株阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii),通过二代测序技术获得其全基因组序列,并比较两种分子分型技术的优缺点。通过二代测序技术获得49个菌株的全基因组序列,通过fusA确定菌株种属,根据多位点序列分型(Multi-locus Sequence Typing, MLST)确定序列型(ST, Sequence type)。再对32株ST13菌株进行单核苷酸多态性位点分析(single nucleotide polymorphism, SNP),并构建进化树。结果 49株阪崎肠杆菌均确认为阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)。49株C.sakazakii由8个ST(Sequence type,序列型)组成。ST13的菌株占分离菌株的绝对优势(65.3%, 32/49)。ST13菌株的SNP结果显示32株菌被分成4个组和5个独立的菌株。表明随着高通量测序技术的不断完善,通过全基因组序列的MLST分型方法完成初步分型,而针对遗传相似性很高的菌株,应用SNP分析深入分型,能对被克罗诺杆菌属(Cronobacter spp.)污染的乳粉进行快速溯源,对全球疫情调查有重要意义。     

下一代测序技术在食源性致病菌研究中的应用

下一代测序技术是DNA测序的一项革命性创新技术,其特点是方便快速、高效准确、信息容量大,可实现物种基因组或转录组的深入研究。现阶段,食源性致病微生物导致的全球食品安全问题不断发生,下一代测序技术可在信息缺乏或多种微生物存在的情况下对食源性致病微生物进行检测判定,可在基因序列的背景下更科学地认识食源性致病菌的遗传特性、代谢能力、致病机制等,为食源性微生物疾病预防和控制提供重要的依据。本文主要介绍了在第一代测序技术的基础上发展起来的下一代测序技术,包括第二代测序技术和第三代测序技术的原理、发展历程及优劣势,着重概述了下一代测序技术在食源性致病菌检测鉴定中的应用,并展望该技术在食源性致病菌检测应用中的发展趋势。