上海市市售水产品中耐碳青霉烯类抗生素细菌分布及耐药基因谱研究

目的 了解上海市市售水产品中耐碳青霉烯类抗生素细菌的分布及抗生素耐药基因谱。方法 采用美洛培南抗性平板筛选上海市市售水产品中耐药性细菌,利用微生物质谱鉴定仪对其进行鉴定,同时对上述分离细菌进行药敏性实验,对多重耐药菌进行全基因组测序,分析耐药基因谱。结果 上海市市售水产品中耐碳青霉烯类抗生素的耐药细菌分离率较高（75.0%~90.5%）,嗜麦芽窄食单胞菌为优势细菌,其次为假单胞菌属、气单胞菌和肠球菌;多重耐药现象比较严重,表现出对头孢类、四环素类、氨苄西林较高的耐药性。全基因组测序结果显示共检测出64个耐药基因,耐碳青霉烯酶基因以bla_NDM-1、bla_OXA55和bla_OXA280为主。结论 上海市市售水产品中耐碳青霉烯类细菌分布较为广泛,同时存在多重耐药现象,且携带的耐药基因谱呈多样性,提示应加强水产品中耐药细菌及耐药基因谱的监测,为食品安全评估提供依据。     

一起疑似由蜡样芽胞杆菌引起的食源性疾病事件的分子溯源研究

目的 对一起食源性疾病事件中食品分离蜡样芽胞杆菌（B. cereus）进行溯源分析,为确定污染源、切断传播途径提供技术支撑。方法 本研究建立脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法,对12株B. cereus进行分子分型,同时对10株B. cereus进行全基因组测序（WGS）,利用BioNumerics软件对测序数据进行拼接组装、多位点序列分型（MLST）、毒力基因、核苷酸多态性（SNP）分析。结果 本起食源性疾病事件中分离自不同食品的12株B. cereus的PFGE分型显示为8种带型,其中3株ST1435型 B. cereus带型相同,且SNP分析显示这3株B. cereus只有3个碱基差异;2株ST24型B. cereus 的PFGE带型完全相同,且SNP分析显示只有1个碱基差异,提示3株ST1435和2株ST24菌株分别为克隆株。2株ST24型B. cereus携带溶血性肠毒素hlbA、hlbC和hlbD,另有4株B. cereus携带腹泻毒力基因（hlbA、hlbC和hlbD）。结论 B. cereus引起的食源性疾病事件比较复杂,污染源也比较复杂,因此加强原辅料监测、从业人员的卫生监测、环境和设备及环节的清洗消毒,对预防控制由其引起的食源性疾病事件非常重要。     

基于全基因组测序的阪崎克罗诺杆菌婴幼儿食品分离株分子特征研究

目的 研究婴幼儿食品中分离的阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)分子生物学特征。方法 对婴幼儿食品中C.sakazakii进行分离鉴定、药物敏感性试验和全基因组测序,利用BioNumerics软件对全基因组数据进行拼接组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因和耐药基因分析,并与PubMLST数据库中ST型进行比较分析。结果 本研究中分离的9株C.sakazakii共分为5个ST型,ST1和ST64型为主要型别,同时也是PubMLST数据库中C.sakazakii的主要型别。3株C.sakazakii携带mcr-9耐药基因,但药敏结果显示所有菌株对包括多粘菌素B和多粘菌素E在内的12种抗生素均敏感。除携带共同毒力基因谱外,ST1、ST64和ST458型携带脂多糖基因gtrB。cgMLST聚类分析显示,9株C.sakazakii呈高度多样性。结论 与临床分离株相关的ST1和ST64型是本研究食品分离株中的主要型别,提示C.sakazakii具有潜在的致病性,有必要对婴幼儿食品中C.sakazakii开展连续监测,为预防控制由其引起的食源性疾病提供依据。     

基于全基因组测序技术的食品分离致泻大肠埃希菌的分子特征及耐药性研究

目的 了解上海市肉品和水产品中分离致泻大肠埃希菌（DEC）的生物学特征及耐药性,为防控由该菌引起的食源性疾病提供科学依据。方法对食品分离DEC菌株进行全基因组测序及药物敏感性试验,利用BioNumerics软件对全基因组测序数据进行拼接,利用拼接序列开展多位点序列分型、毒力基因和耐药基因分析。结果本研究中56株DEC菌株中肠道聚集性大肠埃希菌（EAEC）占比最高,达73.2%,且以astA基因为主（90.2%）。56株DEC分为37个ST型,显示高度多样性。DEC菌株对喹诺酮类抗生素耐药性较高（64.3%）,其次是对氨基糖苷类、β-内酰胺类抗生素和四环素类抗生素耐药,且多重耐药性菌株占48.2%,耐药基因相应的以喹诺酮类、氨基糖苷类、β-内酰胺类抗生素耐药基因为主,且大多数对抗生素耐药的菌株均携带其相应的耐药基因。结论 EAEC是上海市食品中分离DEC菌株的主要型别,对喹诺酮类、β-内酰胺类、氨基糖苷类抗生素的耐药率较高,且携带相应的耐药基因,全基因组测序技术可应用于DEC的分子生物学监测中,为疾病预防控制提供科学依据。