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蛋白质折叠研究对于揭示蛋白结构和功能关系,进而了解相关疾病的致病机理意义重大。蛋白质折叠已被证明是 NP-完全问题。本文针对蛋白质折叠研究中的能量最小化问题,提出了一种新的并行群体模拟退火算法(Parallel Group Simulated Annealing,PGSA)及其改进型算法(PGSA_1/K)。该算法使用了降温因子加速收敛精度,并采用 MPI 消息传递并行编程技术加快蛋白质结构空间搜索以及能量最小化寻找速度。以 Met_Enkephalin 蛋白为对象的计算机模拟仿真结果表明,我们提出的算法及其改进型有很好的扩展性,可以高效搜索蛋白结构空间,从而找到相关蛋白的最小能量结构。 相似文献
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随着新一代测序技术的发展,一些新的全基因组组装算法应运而生,特别是针对第三代高通量测序仪产生的海量短序列的组装软件被不断开发出来,这些组装软件渐渐走向市场。但是,由于这些组装软件的适用性和其性能的差别,选择一款性能优良的组装工具或者开发并行高吞吐的组装工具成为了当前面临的一大难题。本文选取基于 De Bruijn 图算法开发的 4 款 De Novo 组装的软件(Velvet、SOAPdenovo、IDBA、ABySS)对 4 种物种的基因组的模拟数据进行测试,并从软件的算法、组装性能和组装质量 3 个方面分析这 4 个软件的性能,同时根据其算法特点推断影响这些软件性能的关键因素,并给出软件的使用建议以及开发并行序列组装工具来组装超大规模的基因数据应该注意的问题。 相似文献
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魏彦杰 《平顶山工学院学报》2003,12(3):60-61,78
随着《企业会计准则——每股收益》的颁布,如何将“每股收益”的一般处理原则与具体经济业务相结合是完善我国收益规范体系的关键。本文通过分析国内外已颁布的每股收益准则所依据的理论假设,对会计实务中如何提高每股收益准则的适用性提供建议。 相似文献
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内皮素ET-1(Endothelin-1)与其受体ETA(Endothelin-A)和ETB(Endothelin-B)的相互作用控制血管紧张度,维持血压,与心血管疾病关系密切。ET-1与血管内皮的ETB结合介导血管舒张,而与血管平滑肌的ETA和ETB结合则引起血管收缩。ET-1只有在存在正常血流的体内实验才表现出明显的舒张活性,且其结构具有柔性,故推测血流的剪切应力可能控制了它的构象,进而调控它与ETB的结合。文章利用流动分子动力学计算机模拟方法,研究了均匀流中质心受约束的内皮素ET-1的构象。实验结果观察到该分子的羧基端往氨基端靠近,整个分子变得紧凑。这个发现对研究ET-1与ETB的相互作用和设计基于ET-1的心血管药物将会有一定的指导意义。 相似文献
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基于DEA-Malmquist指数对2007-2013年皖北地区面板数据投入产出的变动效率分析,规模效率与技术进步成为制约皖北各城市土地利用效率的短板,进而提出扩大皖北地区生态空间、打造皖北地区中心城市和加大科技创新来提高城市土地利用效率,优化配置土地资源. 相似文献