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分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础上,利用CUFFT的移植工具CUFFTW为方案一提供部分GPU并行接口;(3)方案三利用GPU并行架构,通过CPU和GPU的协同处理,利用纯并行计算接口进行优化。3种方案对PDB code分别为1PEE,1B6C,4HX3和2SNI的测试蛋白进行结合态和自由态的对接,求得的最小均方根偏差LRMSD小于5 Å,满足了复合物结构预测竞赛要求的中等精度结构标准,验证了对接结果的正确性。最后在保证结果正确性的前提下,测试了不同蛋白在不同方案下的运行速率;在保证不同蛋白对接效率相同的前提下,以1PPE为例,比较了不同方案下的对接速率。实验结果表明在同等旋转步长并保证程序运行结果正确性的前提下,最终的优化效果可提速近10倍,有效改进了半柔性对接算法的运行速率。 相似文献
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为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶变换进行全空间构象搜索.然后,优化蛋白质复合物构象,并采用全原子统计势函数进行评价.总结第32~37轮CAPRI竞赛结果发现,该方法在T104、T105、T111和T118比赛中挑选出了L_(RMSD)小于2.0×10~(-10)m的近天然结构.通过对比其他国际优秀课题组的方法,分析预测和打分比赛中取得的成绩和不足之处,并为后续的研究提出了改进方案与建议. 相似文献
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本文介绍我院利用玻璃钢的特性,开发纤维增强复合包覆层在海港工程钢管桩及混凝土桩桩基防腐蚀技术开发及应用。从它的耐候性、耐海水特性及使用寿命推测和大量重点工程应用成果,我们认为它在港工码头桩基、高速公路桥墩、石油及天然气管道防腐工程都具有极大的推广应用价值。 相似文献
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同业对标“电网运行”板块分析 总被引:2,自引:0,他引:2
根据上海市电力公司所属13个供电分公司中开展的2004年度创一流企业同业对标的评价结果,应用差异分析的方法,寻找企业"电网运行"板块差距所在,分析原因,制订对策,并结合2005年度设备计划检修、基建、业务扩展作出预测与控制。对提高企业管理水平、理性地指导生产有着重要的作用。 相似文献
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最近几年,我国的经济高速发展,此时城市化的进程也加快了。同时建设面积也变宽,在开展主体建设活动的时候,很多建设技术和措施等都会作用于整个活动。所以要使用合理的建设技术和措施才可以显著的提升建筑的品质,缩减建设时间。 相似文献
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Cr3C2对WCoB-TiC金属陶瓷组织和性能的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
以WC、TiB2和Co粉末为原材料,采用原位反应液相烧结工艺,在1400℃真空烧结炉中制备了WCoB-TiC复相金属陶瓷.利用FE-SEM、EDS和XRD等技术,研究了不同含量晶粒长大抑制剂Cr3C2对WCoB-TiC金属陶瓷组织和性能的影响.结果表明,添加Cr3C2能有效抑制WCoB-TiC金属陶瓷晶粒异常长大,使得材料获得更均匀细小的微观组织,并且提高硬度和耐磨性能.随着抑制剂Cr3C2含量的增加,金属陶瓷的晶粒更细小均匀(晶粒尺寸可达1.0μm),硬度随之升高到91.0HRA,并且耐磨性能得到明显改善,磨损损失质量远小于未添加Cr3C2的试样. 相似文献
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钛基混合金属氧化物阳极是一种外加电流阴极保护系统中常用的新型辅助阳极,该阳极通过在钛基体表面涂覆催化的Ti、Pt、Ir、Ta或Ru的氧化物的混合物制成,通常称为MMO阳极.这种阳极问世于20世纪60年代末,最早是由氯碱工业中采用的尺寸稳定型阳极发展而来. 相似文献
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