SVGLR:全新的长读测序基因分型算法

文中基于三代测序数据提出了一种动态规划的基因分型算法。首先,根据改进的Needleman-Wunsch序列比对算法将基因组中所有变异的序列分别进行比对,根据比对矩阵生成用于分类的匹配向量序列。然后,提出序列分类算法,根据分类结果计算基因型,确定变异的合子性。在公开数据集上,使用该算法进行基因分型实验,实验结果表明该算法的精确率和F1指标均有所提高,有着较好的基因分型结果。     

裂变径迹等新技术在辽河盆地热历史研究中的应用

以磷灰石裂变径迹特征研究为主,辅以同位素地质年代学、稳定同位素组成及包体研究,系统阐明了研究沉积盆地热历史的基本原理和方法,确定了辽河盆地沉积地层物质来源及五条剖面的热历史特征。通过磷灰石、锆石的U-Pb同位素年龄测定,指出沙河街组的沉积物源来自邻近的山海关古陆,并确定了磷灰石裂变径迹的起始记录时间。根据五条剖面100个磷灰石样品的裂变径迹特征分析及稳定同位素和包体研究,分别确定了辽河盆地西部凹陷斜坡地区、西部凹陷南部地区、东部凹陷牛居地区、东部凹陷黄金带地区及浅海地区的磷灰石裂变径迹退火带、古温度梯度、生油带,为辽河盆地油气资源的二次评价提供了重要的科学依据。     

基于偏序图生成共识序列的改进星比对算法

多序列比对是生物信息学中十分常用的序列分析方法,主要用于分析分子进化关系、基因组分析、找出DNA序列之间的共同结构特征,从而准确判断序列结构和功能之间的具体联系。现今广泛使用的多序列比对方法主要分为渐进式比对和迭代式比对两种方式,但这两种方式在进行多序列比对时的时间开销相对较大,且比对结果准确性和复杂度受限于待比对序列的质量和相似度。相对来说,星比对算法的时间复杂度更低,常用于高相似度序列之间的比对。但对低相似度序列进行比对时,其结果精度还有待提高。针对星比对算法在低相似度序列中精度较差问题,文章提出了利用偏序图生成的共识序列对星比对算法进行了优化,结合SIMD并行策略加快共识序列的产生,从而扩大了算法的应用范围,提高了比对结果准确度,该研究最后通过实验证明了算法优化的有效性。