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生物序列的k-mer频次统计是生物信息处理中一个非常基础且重要的问题. 本文针对多序列在对齐模式下,不同偏移处一段长度范围内的k-mer频次统计问题进行了研究. 提出了一种逆向遍历k-mer计数算法BTKC. 该算法能够充分利用长度的k-mer统计信息,快速得到长度的k-mer统计信息,从而避免了统计任意长度的k-mer频次信息时都需要对所有序列进行遍历. 算法的时间复杂度分析及实验结果表明,相比于传统的前向遍历FTKC算法,BTKC算法性能提升非常明显,且其时间复杂度与k-mer长度的变化范围无关,非常适合于在k-mer长度变化范围较大的情况下使用. 相似文献
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