自由能微扰法计算酶和抑制剂的相对结合自由能

用自由能微扰方法（FEP）计算了2种hydroxamate类的抑制剂和MMP－2的相对结合自由能，自由能计算采用了慢增长（Slow Growth)和固定窗口增长（Fixed Width Window Growth) 2种方法，并且在每次计算中都采用了双向采样（double-wide sampling)的策略，2种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值得很好地符合。     

新型酪氨酸激酶水分子抑制剂的三维药效团研究

对受体酪氨酸激酶（ＲＴＫ）的药物抑制对控制恶性肿瘤具有重要意义。最近发现的苄叉丙二腈化合物家族对ＲＴＫ中的ＨＥＲ２受体具有的抑制作用。本文对这一系列化合物进行了柔性的三维药效团分析,得到了一个预测能力委好的药效团模型、线性回归系数Ｒ＝０．９９５８。这个模型对于研究此类化合物的结构与活性关系,以及评估此类未知化合性具有重要作用。     

Pluronic L64/水/p-Xylene体系的模拟

用介观动力学在介观层次上对不同组分的pluronic L64/水／p-Xylene三元体系的相分离进行了研究，得到了与实验相吻合的结果。计算表明对于纯p-Xylene溶剂和有含水量水的p-Xylene溶剂，体系没有发生相分离，随着水的含量增加，体系发生了明显的相分离，产生了不同形态的胶团。本文还通过对比不同溶剂组分下的体系介观形貌，讨论了水在体系相分离中的作用。同时通过分析模拟了1000步后体系中水的分布，证在胶团核中存在自由水（free water）的猜想。     

一组胰蛋白酶抑制剂结合自由能的预测

本文采用基于线性响应近似的自由能预测方法计算了胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合自由能。计算结果表明，3参数和双参数模型的预测能力要明显优于单参数模型。计算得到的抑制剂和受体间的作用模式为基于结构的药物设计提供了重要的信息。     

基于分子间相互作用的分子设计系统-PUMDS

北京大学分子设计系统（ＰＵＭＤＳ）主要用于研究和分析分子间相互作用。通过这个系统。可以确定超分子体系中各个组成单元之间的相互作用,超分子体系的结构以及形成过程。同时它也可以用于药物研究特别是先导化合物的设计。利用这个系统进行了多个超分子体系的研究,均取得了很好的结果。     

Pluronic类化合物水溶液的介观动力学模拟

介观动力学是一种最近发展的动力学密度函数方法,我们将其应用于Ｐｌｕｒｏｎｉｃ类化合物水溶液体系,对该体系中微观相分离动力学过程进行了理论模拟研究。在模拟中,聚合物链（ＰＥＯ）ｘ（ＰＰＯ）ｙ（ＰＥＯ）ｘ被简化为链长相对较短的高斯链,一个单体或几个单体用一个最基本的单元代替,该方法可以直接对聚合物水溶液微观形貌进行三维模拟。和其它平衡理论模拟方法（如蒙特卡罗方法）相比,介观动力学模拟可以给出体系直观的动力学过程,而现在的实验手段尚不能给出体系不稳定过程中的有关信息,所以介观动力学模拟结果将无疑加深我…     

基于遗传算法的分子场分析方法研究

将遗传算法引入比较分子场分析方法中进行最佳构象的选择。通过遗传算法的优化,可以得到一组统计最优的三维构效关系模型。计算结果表明,通过遗传算法优化得到的最优模型要优于用传统比较分子场分析方法得到的模型;同时,从这个最优构象中我们可以确定这线化合物的活性构象。