面向多模态MRI脑胶质瘤区域三维分割与生存期预测的级联U-Net网络

目的 针对常见方法对脑胶质瘤的肿瘤分割和生存预测需要单独建模的问题,提出一种带有变分自编码器(variational auto-encoder, VAE)分支的两阶段级联U-Net算法,旨在分割肿瘤的同时提取鲁棒的特征预测患者生存期,有助于患者的精准治疗。方法 提出的两阶段级联U-Net网络,第1阶段实现初步粗分割,第2阶段实现精细化分割。此外,在第2阶段添加变分自编码器分支以提取更加鲁棒的特征并提高模型泛化性。其中,变分自编码器分支获取的特征被送入随机森林算法以进行生存期预测。另外,在两个阶段的解码器部分都添加了SE(squeeze-and-excitation)-残差模块以及注意力门模块,提高了分割精度。结果 在Brain Tumor Segmentation (BraTS)竞赛官网分别评估了本文方法在BraTS2020验证集上分割以及总体生存期预测两大任务的结果,本文算法在该验证集的全肿瘤区域、肿瘤核心区域以及增强型肿瘤区域分别取得了90.66%、85.09%和79.02%的Dice相似系数。相较3DU-Net在3个肿瘤子区域的Dice相似系数分别提高了4.3%、1.37%和5....