α-淀粉酶中某些氨基酸含量与其最适pH的关系

针对生产中大多数α 淀粉酶不能适应高酸性和高温条件,需要改进才能适应工业生产的实际,研究了α 淀粉酶的最适pH与各种氨基酸含量的关系,构建了α 淀粉酶序列库和pH序列库.通过对α 淀粉酶pH序列库统计分析,发现α 淀粉酶的最适pH与某些氨基酸含量有一定的关系,当丙氨酸(A)质量分数大于5.8%并谷氨酸(E)质量分数大于5.0%,苏氨酸(T)质量分数大于6.5%并酪氨酸(Y)质量分数在4.3%～6.3%时,α 淀粉酶的耐酸性能力较好.     

核酸序列是否包含更多蛋白质结构信息

氨基酸序列决定蛋白质高级结构是普遍接受的假设,也是蛋白质结构预测的理论基础.但近来不断有研究表明,同义密码子用语和蛋白质二级结构间存在着某些关联,这些结果可能对蛋白质折叠理论和基因工程有积极意义.本文对这一课题研究的最新进展情况进行了简要的分析与评述.     

核酸序列是否包含更多蛋白质结构信息

氨基酸序列决定蛋白质高级结构是普遍接受的假设，也是蛋白质结构预测的理论基础。但近来不断有研究表明，同义密码子用语和蛋白质二级结构间存在着某些关联，这些结果可能对蛋白质折叠理论和基因工程有积极意义，本文结这一课题研究的最新进展情况进行了简要的分析与评述。     

蛋白质二硫键的分布特征

以SLCTBASE数据库中包含二硫键的215条多肽链作为研究对象，统计分析了二硫键的分布特征，结果表明，二硫键的分布很不均匀，主要在序列距离较近的2个半胱氨酸之间形成，大部分二硫键是在序列距离小于70个氨基酸的地方形成，并且对某些序列距离有着强烈的偏好，这一结果对蛋白南工程中引入人工二硫键、进行分子生物学实验设计具有一定参考意义。     

α—淀粉酶中某些氨基酸含量与其最适pH的关系

针对生产中大多数α－淀粉酶不能适应高酸性和高温条件，需要改进才能适应工业生产的实际，研究了α－淀粉酶的最适pH与各种氨基酸含量的关系，构建了α－淀粉酶序列库和pH序列库，通过对α－淀粉酶pH序列库统计分析，发现α－淀粉酶的最适pH与某些氨基酸含量有一定的关系，当丙氨酸（A）质量分数大于5.8%并谷氨酸（E）质量分数大于5.0%，苏氨酸（T）质量分数大于6.5%并酪氨酸（Y）质量分数在4.3%-6.3%时，α－淀粉酶的耐酸性能力较好。     

EcoPDB：高精度大肠杆菌蛋白质结构与对应基因序列数据集

高质量蛋白质结构及其对应基因序列数据是研究蛋白质折叠与蛋白质编码序列关系问题的基础.通过查询SWISS-PROT数据库中E.coli的蛋白质,得到不同数据库中的蛋白质结构与基因序列的交叉索引表,在此基础上,删除大量冗余及不可靠数据,最后得到一个高精度数据集EcoPDB.该数据集共有191个E.coli基因及其相应的精度好于2.5?的X射线衍射测定的PDB蛋白质结构数据,总残基数约5.5万.     

用氨基酸组分预测含顺式肽键蛋白质

以含有820个蛋白质结构数据的SLCTBASE数据库作为样本库，根据蛋白质序列氨基酸百分含量与顺式肽键的关联信息，构建了基于序列整体氨基酸含量的顺式构象势函数．利用此函数拟合得出的20种氨基酸的顺式构象因子值，进行两类蛋白质序列的分类和预测．训练集和测试集相同时和不相同时的预测准确率分别可达66％和64％。     

用氨基酸组分预测含顺式肽键蛋白质

以含有820个蛋白质结构数据的SLCTBASE数据库作为样本库,根据蛋白质序列氨基酸百分含量与顺式肽键的关联信息,构建了基于序列整体氨基酸含量的顺式构象势函数.利用此函数拟合得出的20种氨基酸的顺式构象因子值,进行两类蛋白质序列的分类和预测.训练集和测试集相同时和不相同时的预测准确率分别可达66%和64%.     

蛋白质二硫键的分布特征

以SLCTBASE数据库中包含二硫键的 2 15条多肽链作为研究对象 ,统计分析了二硫键的分布特征 .结果表明 ,二硫键的分布很不均匀 ,主要在序列距离较近的 2个半胱氨酸之间形成 ,大部分二硫键是在序列距离小于 70个氨基酸的地方形成 ,并且对某些序列距离有着强烈的偏好 .这一结果对蛋白质工程中引入人工二硫键、进行分子生物学实验设计具有一定参考意义 .     

基于两层分类器的半胱氨酸氧化还原状态预测方法

提出了两层混合分类器来预测蛋白质半胱氨酸氧化还原状态,第一层总体线性分类器利用氨基酸百分含量作为输入信息,第二层局部SVM分类器利用半胱氨酸周围局部序列作为输入信息。以2002年4月份的PISCES culled PDB数据库中的 639条蛋白质多肽链作为研究对象,共含有584条二硫键,2 904个半胱氨酸。经严格的折叠刀方法检验,预测半胱氨酸的氧化还原状态准确率最高可达84．1％(半胱氨酸水平)和80．1％(蛋白质水平)。结果表明这种将蛋白质总体信息与局部上下文序列信息结合起来构建的两层混和分类器具有较高的预测准确率。研究结果也表明总体氨基酸百分含量和半胱氨酸周围局部序列都携带有二硫键形成的相关信息,暗示了半胱氨酸是否形成二硫键不但取决于蛋白质全局的结构信息同时也受到局部序列信息的影响。