寡核苷酸芯片的逐步探针选取算法

探针集的挑选是寡核苷酸芯片设计过程中最重要的部分。基于合成探针成本的考虑,探针的个数成为评价探针集优劣的一个最重要的指标。一个好的探针挑选算法应该挑选出尽可能少的探针。为此,对探针选取的贪心算法作了改进,提出一个类似于逐步向前回归算法的探针选取算法。该算法在每次向探针集加入边际效用最大的探针的同时,把边际效用没有或者很小的探针从探针集中剔除出去。对HLA等位基因数据的实验结果表明,逐步选取算法得到的探针集优于贪心算法挑选出的探针集。