基于时间加权改进的LDTW算法

在时间序列相似性度量研究中,动态时间弯曲（dynamic time warping,DTW）是最为常用的算法之一,但其存在病态对齐问题且未考虑时间属性影响。限制对齐路径长度DTW（DTW under limited warping path length,LDTW）和时间加权DTW（time-weighed DTW,TDTW）分别尝试解决上述两个问题中的一个,但未能同时解决DTW两方面的不足。为此提出一种综合时间权重的LDTW（time-weighting LDTW,TLDTW）算法。首先通过测量两个时间序列中时间点对的距离构建时间权值矩阵;然后在LDTW累计成本矩阵递归填充过程中融合对应的时间权值,以实现在考虑时间因素影响的同时保留有效抑制病态对齐特性。基于UCR数据集进行1-NN分类实验,实验结果显示基于TLDTW相似度量的分类准确率优于其他对比算法,且进一步对比验证了其可靠性。     

食品微生物肉葡萄球菌的高效转化技术研究

肉葡萄球菌是广泛应用于发酵肉制品的食品微生物,然而,该菌在发酵制品中的生长代谢机理目前尚未可知,究其原因与基因工程操作中质粒转化难、无法建立成熟的分子生物学体系密切相关。肉葡萄球菌具有厚且致密的刚性细胞壁和限制性修饰(RM)系统,导致电转化的再现性差、效率低。本试验研究了电击缓冲液、电场强度、质粒质量浓度、复苏培养基以及质粒修饰和感受态细胞的高温热处理对肉葡萄球菌pCA44电转化效率的影响,并进行电转方案优化。结果表明:用10%甘油与0.5 mol/L甘露醇洗涤制备感受态细胞,加入500 ng/100 μL经大肠杆菌DC10B修饰的质粒,56 ℃高温热处理肉葡萄球菌pCA44感受态细胞2 min后,在电场强度10 kV/cm的条件下电击质粒与细胞混合物,且电击结束后立即加入含有0.5 mol/L甘露醇的复苏培养基RGM2,得到的肉葡萄球菌pCA44电转化效率最高,达到6.26×105 CFU/μg,且随机挑取转化子进行PCR验证均是阳性。本研究获得的电转方案显著提高了肉葡萄球菌pCA44电击转化效率,可为其发酵代谢机制解析提供技术支持,并为后续其它含有RM系统屏障的葡萄球菌系菌株提供参考。