植物microRNA计算识别的研究进展

介绍植物miRNA特点与功能传统识别方法、相似性搜索识别方法、物种同源比对识别方法、靶基因结合点保守性预侧和鉴定方法等方面的进展,并展望其在农业科学和生产中的应用前景.     

基于FSA的DNA重复体频率统计算法

针对现有DNA重复体频率统计算法效率低、灵活性差等不足,基于字符串多模式匹配的有限状态自动机,构造DNA子序列比对自动机,利用KMP算法对自动机进行状态转移优化,由此提出一种高效的重复体频率统计算法。该算法通过对DNA数据库的线性扫描,得到每个DNA子序列在全局数据库中重叠与非重叠的重复体频率统计信息以及指定DNA序列集合的最长公共子序列信息。实验结果表明,该算法具有效率高、匹配精确、信息获取方式灵活、支持在线操作等优势。