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目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。 相似文献
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在物种鉴定领域中,权威方法是基于BLAST的序列比对算法,然而该算法出现计算量过于庞大,运算效率低以及资源消耗较高等问题.为解决以上问题,本文借鉴经典文献中的K-String组份向量方法,对向量空间模型作出改进,将其应用于基于16S rRNA序列的物种鉴定领域,并在巴拿赫空间的理论体系下,对改进向量空间模型算法中的遗传距离公式进行等价替换,给出不同范数背景下对应的遗传距离公式,供科研人员参考.本文从计算效率和物种鉴定效果两个方面来判断改进算法的性能,最终得到如下结论：欧几里得空间下的内积范数从计算效率上较经典的blast算法具有显著优势,而其分类效果在检出率这一方面,达到了比对结果的一致性. 相似文献
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