北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析

目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。     

基于本体可视化的关联数据集表达

近年来不同学科领域的语义数据井喷式增长,关联数据集关联关系的发布形式直接决定了这些数据集能否被快速、准确地理解和使用。目前,数据集关联关系的发布均采用文本,而本论文提出一种基于本体可视化的方法来表达关联数据集,使数据集更容易被理解和使用。设计关联数据集发布方案,基于 OWL2VOWL 项目实现将关联关系转化为 WebVOWL 规定格式的 JSON 元素,并将其结合 WebVOWL 嵌入到发布模型中,完成关联数据集关联关系的发布。依据以微生物为核心的关联数据集的关系可视化表示,完成在数据集上的查询,验证方案带来的便利。通过设计的本体可视化模型来完成关联数据集的表达,丰富了关联数据集的发布形式,并使得关联数据集更容易被专家甚至不懂本体的使用者理解和使用。     

微生物分类单元整合与检索

微生物分类学是微生物从业者认识微生物,进而利用和改造微生物的一种手段;其主要的任务有分类、命名和鉴定。目前有4家机构对微生物的分类单元数据库进行着维护,同时对外提供检索。4家机构由于只维护各自的数据库,给微生物从业者在检索和对比4家机构分类单元上带来了不便。基于此,本文开发了一个微生物分类单元整合和检索平台,该平台将整合4家的分类单元数据库,同时在整合过程中提取出分类单元的变更历史信息,最后通过Web方式将整合后的数据和信息供微生物从业者使用和参考。     

基于16S rRNA基因序列分析的物种辅助分类研究与实现

在当前的微生物领域,基于16S rRNA基因序列的分析仍然是一个重要方法,其不仅用于研究微生物多样性,而且也用于探索原核生物分类与鉴定。在本研究中,我们构建了一个参考数据集,该参考数据集包含所有原核微生物中属于被有效发表的种名的标准菌株的16S rRNA基因序列和对这些种名的系统分类。基于此参考数据集,我们开发了一个微生物快速分类工具,该工具通过把未知原核微生物的16S rRNA基因序列和数据集中的16S rRNA基因序列做序列比对及参考分类单元等级间的距离阈值来快速的定位该未知微生物所属的最有可能的分类单元,最后通过做多序列比对及系统演化树来供科研人员辅助参考。