真空条件下辅酶Q_(10)的β-环糊精包合物的动力学模拟

首先通过分子力学法,确定辅酶Q10(CoQ10)的7个β-环糊精(β-CD)包合物(CoQ10-7-β-CDs)的最稳定优势构型.并进一步用分子动力学法模拟真空状态,一定时间内包合物的动态结构,并统计分析CoQ10包合前后结构的变化对性质的影响.结果表明CoQ10分子可以通过范德华力、库仑作用和氢键一起作用于β-CD分子形成1:7的稳定的D型包合结构.包合后,CoQ10分子的C=O双键和醌环上的C=C双键增长,侧链上的C=C双键缩短,其活性部位的抗氧化能力增大,而分子骨架的稳定性增强.     

2-(4-甲氧基苯基)亚肼基乙酸与乙醛酸反应密度泛函理论研究

本文应用量子化学密度泛函理论(DFT)研究了2-(4-甲氧基苯基)亚肼基乙酸与乙醛酸的反应机理及动力学行为,并研究了不同取代基对反应的影响.在RB3LYP/6-31G*水平上,优化了各反应通道的反应物、中间体、过渡态及产物的几何构型,计算了各驻点的振动频率、零点能和电荷分布.计算结果表明,该反应有2条反应通道,分别生成(2Z)和(2E)-3(4-甲氧基苯基二氮烯基)丙烯酸.产物发生了键长的平均化和电荷的重新分布.两反应通道具有相同的反应入口,Z式产物为主要产物,2-(4-甲氧基苯基)亚肼基乙酸中苯环对位被给电子基团取代,有利于反应进行.     

真空条件下β—环糊精和对甲酚包结过程的分子动力学模拟

报道了真空状态下主体β－环糊精和客体对甲酚在两种不同起始状态下发生包结作用过程中的分子动力学模拟结果，研究表明，真空状态下主体β－环糊精和客体对甲酚能发生包结作用，且因主客体间的范德华作用使得包结过程中甲酚的甲基总是先进入环糊精的腔内，这些和水溶液中的ＮＭＲ研究的结果完全一致。     

真空条件下扑热息痛的α-环糊精包合物的分子动力学模拟

真空状态下,扑热息痛药物分子(客体)和α-环糊精(主体)形成的包合物,在一定时间内动态微观结构分子动力学模拟的研究结果表明:扑热息痛分子可以通过两端亲水,中间疏水的三重作用,与α-环糊精形成稳定包合形式,由于空穴狭小,致扑热息痛分子的运动大受限制;计算结果表明:扑热息痛和α-环糊精包合后势能明显下降,原因为两者之间的范德华相互作用和氢键作用。本文还给出了主客体包合物的时间平均构象。最后,分子动力学模拟结果,通过UV光谱和理论UV光谱实验的对比得到了验证。     

甘油-水二元低温保护液玻璃化转变温度的理论预测

玻璃化是牛物器官低温保存的最有效方式,玻璃化转变温度(Tg)是表征和研究低温保护液玻璃化过程的重要参数.目前,测定玻璃化转变温度最常用方法是差示扫描量热法(DSC)和动态热机械分析法(DMA).本文初次尝试利用等温等压下的分子动力学模拟预测甘油水溶液(60%,wt/%)的玻璃化转变温度.在90 K～273 K范围内,逐个温度点模拟计算体系的恒压热容(Cp)、密度(P)、无定形晶胞体积(Vcell)、特征原子的径向分布函数和氧键的形成几率等状态参数.通过这些参数随温度的变化规律和拐点,确定甘油水溶液的Tg值.分子模拟计算结果表明:模拟计算的Tg值(160.06 K～167.51 K)与DSC实验测定结果(163.60 K～167.10 K)几乎一样.可见,分子动力学模拟(MD)可以预测甘油-水二元低温保护液的玻璃化转变温度,这种方法也可推广到其他的多元低温保护液.     

分子模拟方法确定十六烷的凝点

利用分子动力学模拟手段对十六烷的3种异构体及添加烷基萘的混合物的凝点进行计算。结果表明．可以通过不同温度下系统的原子自扩散系数的变化趋势来判断系统的凝点，同时这种变化趋势可以用来预测T型和Ⅱ型十六烷的相转折温度。     

真空条件下β-环糊精和对甲酚包结过程的分子动力学模拟

报道了真空状态下主体β-环糊精和客体对甲酚在两种不同起始状态下发生包结作用过程的分子动力学模拟结果.研究表明,真空状态下主体β-环糊精和客体对甲酚能发生包结作用,且因主客体间的范德华作用使得包结过程中甲酚的甲基总是先进入环糊精的腔内,这些和水溶液中的NMR研究的结果完全一致.     

正癸烷热裂解的分子动力学模拟研究

介绍了应用分子动力学模拟手段对正癸烷的热裂解进行研究的初步结果.提出了CHEN-YIN修正力场,并应用该力场对简化后的一种气态和两种液态的正癸烷系统的热裂解进行了分子动力学模拟.模拟在不同力场参数和不同温度下进行,3种系统中正癸烷的解离速率均约为0.4ps-1,气态系统的裂解产物主要是C1和C2,而液态系统的裂解产物则主要是C4～C7.结果表明,应用计算机模拟手段研究热裂解过程是可行的.     

分子模拟方法确定十六烷的凝点

利用分子动力学模拟手段对十六烷的3种异构体及添加烷基萘的混合物的凝点进行计算。结果表明,可以通过不同温度下系统的原子自扩散系数的变化趋势来判断系统的凝点,同时这种变化趋势可以用来预测T型和Π型十六烷的相转折温度。     

正癸烷热裂解的分子动力学模拟研究

介绍了应用分子动力学模拟手段对正癸烷的热裂解进行研究的初步结果。提出了CHEN－YIN修正力扬,并应用该力场以简化后的一种气态和两种液态的正癸烷系统的热裂解进行了分子动力学模拟。模拟在不同力场参数和不同温度下进行,3种系统中正癸烷的解离速率均约为0．4ps^-1,气态系统的裂解产物主要是C1和C2,而液态系统的裂解产物则主要是C4－C7。结果表明,应用计算机模拟手段研究热裂解过程是可行的。