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基于隐马尔科夫模型的DNA序列分类方法 总被引:1,自引:0,他引:1
DNA序列分类是生物信息学的一项基础任务,目的是根据结构或功能的相似性预测DNA序列所属的类别。为进行有效分类,如何将序列映射到特征向量空间并最大程度地保留序列中蕴含的碱基间顺序关系是一项困难的任务。为克服现有方法容易导致因DNA序列碱基残缺而影响分类精度等问题,提出一种新的DNA序列特征表示方法。新方法首先为每条序列训练一个隐马尔科夫模型(HMM),然后将DNA序列投影到由HMM状态转移概率矩阵的特征向量构成的向量空间中。基于这种新的特征表示法,构造了一种 K-NN分类器对DNA序列进行分类。实验结果表明,新型特征表示方法可以较为完整地保留 DNA 序列中不同碱基间的关系,充分反映序列的结构信息,从而有效提高了序列的分类精度。 相似文献
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RSKNN 算法是一种基于变精度粗糙集理论的 k-近邻改进算法,该算法能够保证在一定分类精度的前提下,有效地降低分类的计算量,提高分类效率。但由于 RSKNN 算法只是简单地将每个类中的样本划分成一个核心和边界区域,并没有根据数据集本身的特点进行划分,因而存在极大的局限性。针对存在的问题,提出一种多代表点学习算法,运用结构风险最小化理论对影响分类模型期望风险的因素进行分析,并使用无监督的局部聚类算法学习优化代表点集合。在UCI公共数据集上的实验表明,该算法比RSKNN算法具有更高的分类精度。 相似文献
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符号序列由有限个符号按一定顺序排列而成,广泛存在于数据挖掘的许多应用领域,如基因序列、蛋白质序列和语音序列等.作为序列挖掘的一种主要方法,序列聚类分析在识别序列数据内在结构等方面具有重要的应用价值;同时,由于符号序列间相似性度量较为困难,序列聚类也是当前的一项开放性难题.首先提出一种新的符号序列相似度度量,引入长度规范因子解决现有度量对序列长度敏感的问题,从而提高了符号序列相似度度量的有效性.在此基础上,提出一种新的聚类方法,根据样本相似度构建无回路连通图,通过图划分进行符号序列的层次聚类.在多个实际数据集上的实验结果表明,采用规范化度量的新方法可以有效提高符号序列的聚类精度. 相似文献
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IKnnM-DHecoc:一种解决概念漂移问题的方法 总被引:2,自引:0,他引:2
随着数据流挖掘的应用日趋广泛,带概念漂移的数据流分类问题已成为一项重要且充满挑战的工作.根据带概念漂移的数据流的特点,一个有效的学习器必须能跟踪并快速适应这种变化.一种基于增量KnnModel的动态层次编码算法被提出用于解决数据流的概念漂移问题.在将数据流划分为数据块后,根据增量KnnModel算法对每块的预学习结果构建并更新类别层次树、层次编码,用可增量学习的分类算法对照编码划分进行学习,并生成备选分类器集.最后依据活跃度对结点进行剪枝处理以减少计算代价.在预测阶段,利用增量KnnModel算法和动态层次纠错输出编码算法的各自优势进行联合预测.实验结果表明:基于增量KnnModel算法的动态层次纠错输出编码算法不但能够提高模型学习的动态性和分类的正确性,而且还能够快速适应概念漂移的情况. 相似文献
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针对现有基于划分的聚类算法无法有效聚类簇大小和簇密度有较大差异的非均匀数据的问题,提出一种基于变异系数聚类算法。从聚类优化目标的角度出发,分析了以K-means为代表的划分聚类算法引发“均匀效应”的成因;提出以变异系数度量非均匀数据的分布散度,并基于变异系数定义一种非均匀数据的相异度公式;基于相异度公式定义了聚类目标优化函数,并根据局部优化方法给出聚类算法过程。在合成和真实数据集上的试验结果表明,与K-means、Verify2、ESSC聚类算法相比,本研究提出的非均匀数据的变异系数聚类算法(coefficient of variation clustering for non-uniform data, CVCN)聚类精度提升5%~40%。 相似文献
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针对传统K-means型软子空间聚类技术中子空间差异度量定义的困难问题,提出一种基于概率距离的子空间差异表示模型,以此为基础提出一种自适应的投影聚类算法。该方法首先基于子空间聚类理论提出一个描述各簇类所关联的软子空间之间的相异度公式;其次,将其与软子空间聚类相结合,定义了聚类目标优化函数,并根据局部搜索策略给出了聚类算法过程。在合成和实际数据集上进行了一系列实验,结果表明该算法引入子空间比较可以为簇类学习更优的软子空间;与现有主流子空间聚类算法相比,所提算法大幅度提升了聚类精度,适用于高维数据聚类分析。 相似文献
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相似性度量是聚类分析的重要基础,如何有效衡量类属型符号间的相似性是相似性度量的一个难点.文中根据离散符号的核概率密度衡量符号间的相似性,与传统的简单符号匹配及符号频度估计方法不同,该相似性度量在核函数带宽的作用下,不再依赖同一属性上符号间独立性假设.随后建立类属型数据的贝叶斯聚类模型,定义基于似然的类属型对象-簇间相似性度量,给出基于模型的聚类算法.采用留一估计和最大似然估计,提出3种求解方法在聚类过程中动态确定最优的核带宽.实验表明,相比使用特征加权或简单匹配距离的聚类算法,文中算法可以获得更高的聚类精度,估计的核函数带宽在重要特征识别等应用中具有实际意义. 相似文献
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传统的概念漂移数据流分类算法通常利用测试数据的真实类标来检测数据流是否发生概念漂移,并根据需要调整分类模型。然而,真实类标的标记需要耗费大量的人力、物力,而持续不断到来的高速数据流使得这种解决方案在现实中难以实现。针对上述问题,提出一种基于少量类标签的概念漂移检测算法。它根据快速KNNModel算法利用模型簇分类的特点,在未知分类数据类标的情况下,根据当前数据块不被任一模型簇覆盖的实例数目较之前数据块在一定的显著水平下是否发生显著增大,来判断是否发生概念漂移。在概念漂移发生的情况下,让领域专家针对那些少量的不被模型簇覆盖的数据进行标记,并利用这些数据自我修正模型,较好地解决了概念漂移的检测和模型自我更新问题。实验结果表明,该方法能够在自适应处理数据流概念漂移的前提下对数据流进行快速的分类,并得到和传统数据流分类算法近似或更高的分类精度。 相似文献
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针对类属型数据聚类中对象间距离函数定义的困难问题,提出一种基于贝叶斯概率估计的类属数据聚类算法。首先,提出一种属性加权的概率模型,在这个模型中每个类属属性被赋予一个反映其重要性的权重;其次,经过贝叶斯公式的变换,定义了基于最大似然估计的聚类优化目标函数,并提出了一种基于划分的聚类算法,该算法不再依赖于对象间的距离,而是根据对象与数据集划分间的加权似然进行聚类;第三,推导了计算属性权重的表达式,得出了类属型属性权重与其符号分布的信息熵成反比的结论。在实际数据和合成数据集上进行了实验,结果表明,与基于距离的现有聚类算法相比,所提算法提高了聚类精度,特别是在生物信息学数据上取得了5%~48%的提升幅度,并可以获得有实际意义的属性加权结果。 相似文献