基于模糊谱聚类的不确定蛋白质相互作用网络功能模块挖掘

针对谱聚类融合模糊C-means（FCM）聚类的蛋白质相互作用（PPI）网络功能模块挖掘方法准确率不高、执行效率较低和易受假阳性影响的问题，提出一种基于模糊谱聚类的不确定PPI网络功能模块挖掘（FSC-FM）方法。首先，构建一个不确定PPI网络模型，使用边聚集系数给每一条蛋白质交互作用赋予一个存在概率测度，克服假阳性对实验结果的影响；第二，利用基于边聚集系数流行距离（FEC）策略改进谱聚类中的相似度计算，解决谱聚类算法对尺度参数敏感的问题，进而利用谱聚类算法对不确定PPI网络数据进行预处理，降低数据的维数，提高聚类的准确率；第三，设计基于密度的概率中心选取策略（DPCS）解决模糊C-means算法对初始聚类中心和聚类数目敏感的问题，并对预处理后的PPI数据进行FCM聚类，提高聚类的执行效率以及灵敏度；最后，采用改进的边期望稠密度（EED）对挖掘出的蛋白质功能模块进行过滤。在酵母菌DIP数据集上运行各个算法可知，FSC-FM与基于不确定图模型的检测蛋白质复合物（DCU）算法相比，F-measure值提高了27.92%，执行效率提高了27.92%；与在动态蛋白质相互作用网络中识别复合物的方法（CDUN）、演化算法（EA）、医学基因或蛋白质预测算法（MGPPA）相比也有更高的F-measure值和执行效率。实验结果表明，在不确定PPI网络中，FSC-FM适合用于功能模块的挖掘。     

湛江发电厂一号机振动的原因分析及处理

对湛江发电厂1号机4号轴瓦振动大的问题进行分析,认为其主要原因为:低压缸变形大导致动静碰摩,轴承座及盘车箱下部脱空引起刚度降低,轴承座的固有频率与工频相近等。对此,采取了相应的处理措施,实施后4号轴瓦振动得到有效解决。     

利用Visual C＋＋和Direct3D设计雷达显示器

利用Visual C＋＋和Direct3D对某雷达显示器的实现过程作了详细论述,包括数据采集、PPI型显示器、A型显示器、B型显示器、余晖显示、航迹显示等。通过试验证明,采用Direct3D绘图方式比采用GDI绘图方式效果好,更适用于数据处理量大、天线扫描速度快的雷达显示器。     

Deciphering the Binding Interactions between Acinetobacter baumannii ACP and β-ketoacyl ACP Synthase III to Improve Antibiotic Targeting Using NMR Spectroscopy

Fatty acid synthesis is essential for bacterial viability. Thus, fatty acid synthases (FASs) represent effective targets for antibiotics. Nevertheless, multidrug-resistant bacteria, including the human opportunistic bacteria, Acinetobacter baumannii, are emerging threats. Meanwhile, the FAS pathway of A. baumannii is relatively unexplored. Considering that acyl carrier protein (ACP) has an important role in the delivery of fatty acyl intermediates to other FAS enzymes, we elucidated the solution structure of A. baumannii ACP (AbACP) and, using NMR spectroscopy, investigated its interactions with β-ketoacyl ACP synthase III (AbKAS III), which initiates fatty acid elongation. The results show that AbACP comprises four helices, while Ca²⁺ reduces the electrostatic repulsion between acid residues, and the unconserved F47 plays a key role in thermal stability. Moreover, AbACP exhibits flexibility near the hydrophobic cavity entrance from D59 to T65, as well as in the α₁α₂ loop region. Further, F29 and A69 participate in slow exchanges, which may be related to shuttling of the growing acyl chain. Additionally, electrostatic interactions occur between the α₂ and α₃-helix of ACP and AbKAS III, while the hydrophobic interactions through the ACP α₂-helix are seemingly important. Our study provides insights for development of potent antibiotics capable of inhibiting A. baumannii FAS protein–protein interactions.     

不锈钢水泵底架成形工艺及模具设计

分析了水泵底架原冲压成形工艺存在的问题,提出了新的成形工艺方案,介绍了新工艺中关键工序的模具结构以及模具加工、现场调试应注意的事项。经生产验证,改进后的工艺与模具结构合理,产品质量及生产效率大大提高。     

蛋白质相互作用网络功能模块检测的研究综述

蛋白质相互作用（Protein-protein interaction,PPI）网络是生命活动中一种极其重要的生物分子关系网络,利用计算方法从PPI网络中检测功能模块是目前生物信息学中一项重要的研究课题. 本文首先总结了功能模块检测过程的基本流程,说明了预处理和后处理的作用;其次,提出了一种模块检测方法的分类体系,并对其中一些代表性的检测算法进行了阐述;再次,给出了模块检测常用的数据库、评价指标和相关软件工具,并通过实验对代表性算法进行了性能对比. 最后,通过对该领域挑战性问题的分析预测了模块检测未来的研究方向,以期对相关研究提供一定的参考.     

一种蛋白质复合体模块度函数及其识别算法

蛋白质复合体对于研究细胞活动具有重要意义.随着新的生物实验技术的不断出现,产生了大量的蛋白质相互作用网络.通过对蛋白质相互作用网络进行聚类识别蛋白质复合体是当前研究热点.然而,目前大多数蛋白质复合体识别算法的性能不够理想.为此,提出了蛋白质复合体模块度函数(PQ),并在此基础上提出了基于蛋白质复合体模块度函数的模块合并(based on protein complexes modularity function for merging modules,BMM)算法.BMM算法首先识别网络中一些稠密子图作为初始模块,然后依据PQ函数对这些初始模块进行合并,最终得到了质量较高的蛋白质复合体.将识别出的复合体分别与2种已知的蛋白质复合体数据集进行比对,结果表明BMM算法具有很好的识别性能.此外,与其他最新的识别算法相比,BMM算法的识别准确率较高.     

基于PLC的小型柔性生产线PPI网络设计

针对小型柔性生产线中PLC之间需要进行实时数据通信这一问题,设计基于S7-200PLC的PPI网络通信系统.介绍PPI网络的特点和设计步骤,重点阐述通信读写数据的规划、通信子程的生成及调用、主站和从站的通信子程序设计等关键技术.     

天线座扭转振动固有频率分析

文中以某转台式天线座为研究对象,首先,采用拉格朗日法创建了考虑系统中电机、减速器和安装平台势能及各主要零部件动能的扭转振动动力学模型,并得到了可用于固有频率计算的解析表达式;其次,基于ADAMS建立了面向实体的动力学模型并进行仿真分析,求得的固有频率与理论分析结果吻合。该方法可为天线座的动态性能分析提供参考。     

融合多数据源的蛋白质功能模块的挖掘算法

针对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络的信息不完善和高噪声问题,提出一种融合多生物数据的二分图聚类集成方法以检测网络中的功能模块.该方法结合了基因本体论(gene ontology,GO)、基因表达谱数据以及多种基础聚类算法,用一种新的二分图来组织多种基础聚类算法的中间结果,并结合对称非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)算法挖掘其中功能意义上最一致蛋白质功能模块,同时,该算法能处理蛋白质功能重叠问题.实验结果表明:所提算法整体优于基准比较方法,是一种融合多种生物信息源和不同的聚类方法的有效途径.