葡萄根癌病基因测序即将完成

<正>葡萄根癌病(Crown gall disease)又称冠瘿病,是一种细菌性病害,会使葡萄根部形成菜花样的肿瘤状物,影响根系对养分的吸收,对葡萄造成严重危害。美国纽约《记事报》(Chronicle Express)报道称,罗切斯特理工学院(Rochester Institute of Technology,N.Y.)的研究团     

厌氧氨氧化快速启动及微生物群落演替研究

在序批式反应器(SBR)中分别添加彗星式丝状纤维滤料和Kaldnes填料组成序批式生物膜反应器(SBBR)R1和R2,接种城市污水处理厂二沉池回流浓缩污泥,旨在探求添加不同生物填料和接种普通污泥对快速启动厌氧氨氧化反应器的影响。结果表明,R1仅历时39d成功启动厌氧氨氧化,NH_4~+-N、NO_2~--N及TN去除率分别为98.0%、88.2%及82.3%;成功启动初期,化学计量比平均值为1:1.28:0.22,接近理论值1:1.32:0.26;稳定运行期间,高通量测序结果表明,浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度从1.97%增至60.06%,而变形菌门(Proteobacteria)从65.75%降至15.19%,Candidatus_Jettenia为主要菌属,丰度最高,占比为45.36%,是反应器内唯一的厌氧氨氧化菌,SM1A02属占比达到13.11%,实现了快速高效富集。R2培养111d后未成功启动厌氧氨氧化。     

微通道电泳芯片系统中信号识别算法的设计与实现

介绍适用于微通道电泳芯片系统的DNA测序软件的总体流程，以及其中的信号处理与识别算法。以激光诱导荧光检测系统所采集到的原始数据为源信号，以小波平滑和小波去噪为理论基础，将滤波算法和峰值识别算法综合在一起进行设计，从而使其适用于检测速度更快、样品量更少的微通道电泳芯片系统。将本算法应用于DNA片段的分离实验中，可以有效地达到滤波以及信号识别的目的。     

筛查基因突变的新技术——循环双脱氧指纹图谱法及其应用

建立了适用于大批量标本基因突变筛查的双脱氧指纹图谱法即ｄｄＦ。该技术民测定ＤＮＡ序列的双脱氧末端终止法及ＳＳＣＰ二者长处于一身，即只作一个双脱氧末端终止反应，然后将反应产物在与ＳＳＣＰ相同的电泳条件下进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，这样有突变的样品不会漏检，阳性检出率高达１００％。     

大凌河流域典型水生植物微生物群落吸附特征试验分析

本文采用高通测序方法对大凌河流域五刺金鱼藻、格菱、狐尾藻、水蓼及芦苇5种水生植物不同季节的微生物群落进行试验分析,分析表明:藻类密度在沉水植物表层要高于浮叶植物表层,微生物群落在浮叶植物根部的结构与其表面存在明显差异。各水生植物的优势生物群落依次为变形菌、梭菌、柔膜菌、鞭脂杆菌、杆菌、疣微菌门,且各微生物群落在季节丰度上存在明显差异性。由此可见,水环境对生物群落的影响要高于植物类型。研究成果可为大凌河流域生态修复工程提供重要理论依据。     

基于流式细胞仪和高通量测序技术联用的超微藻检测方法

了解超微藻结构的动态变化规律有利于更好的评估水体水质情况,然而由于现有技术手段和表征方法的限制,对超微藻检测的准确性还较低.提出综合运用流式细胞仪和高通量测序技术,实现超微藻检测方法体系的构建和运用,对超微藻细胞进行定性和定量分析.以上海金泽水库水体样本为试验材料,验证此方法具有可行性,能够有效提高超微藻检测的准确性.     

巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析

对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征. 在巨魾基因组570 806 968 bp序列中,共筛选出360 235个完整型微卫星,其长度为6 998 449 bp,占基因序列总长度的1.23%. 在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%). 基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC.     

花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究

根据NCBI已公布的花斑无须鲶全基因组序列,利用MISA软件对花斑无须鲶全基因组的6种完整型微卫星进行筛选并分析其分布特征. 结果如下:在花斑无须鲶全基因组(约1.03Gb)中符合条件的微卫星序列共336 037个,丰度为326个/Mb. 微卫星总长度为7 720 686 bp,占花斑无须鲶全基因组的0.75%. 其中二碱基类型的微卫星数目最多,为145 318个,占微卫星总数的43.24%,其次分别为单碱基(37.12%)、三碱基(11.00%)、四碱基(7.39%)、五碱基(1.04%)和六碱基(0.21%). 花斑无须鲶全基因组微卫星中的优势碱基类别按照数量从高到低排列依次为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、TATC、AAG、AAC和TGA,共有305 243个,占微卫星总数的 90.84%,A、T碱基在微卫星中占绝对优势.     

口蹄疫病毒WFL株2C-P3-3′NCR片段的克隆及适于设计siRNA的序列分析

目的筛选出口蹄疫病毒(FMDV)基因组上适于设计siRNA的基因片段。方法以FMDV WFL株RNA为模板,用3′RACE法扩增出2C-P3-3′NCR序列,将PCR扩增片段克隆到pMD18-T载体上,转化E.coli DH5α,筛选阳性重组子,进行序列测定,并与参考毒株序列比较。结果扩增的基因片段大小为4033bp,其2C、P3和3′NCR序列的核苷酸序列与参考毒株的同源性分别为87·11%～94·23%、84·91%～96·66%和66·98%～82·35%,2C和P3与参考毒株的氨基酸同源性分别为94·97%～99·39%和91·84%～98·55%,WFL株P3基因的第1150～1270、1680～1840和2080～2490bp以及2C基因的第354～470bp范围内与参考毒株具有高度保守的特性。因此,可以依据siRNA设计原则,在这4个区域内筛选抑制效果好的siRNA。结论成功克隆了FMDV WFL株2C-P3-3′NCR基因的序列,并筛选出4个适于设计siRNA的基因区段。