锁核酸和不对称扩增辅助的等位基因多重引物识别KRAS基因突变的研究

RAS突变的检测为指导结直肠癌的预测和预后提供了有力的工具。探讨一种简洁、低成本的用于检测KRAS基因突变的多重引物等位基因识别方法(multiplex primer allelic discrimination, MP_mAD)。利用不对称扩增和含锁定核酸(locked nucleic acid, LNA)的等位基因特异性引物、以及共同的反向引物和探针,进行多重孔检测和参考孔检测,以多重检测和参考检测的扩增循环数值差(ΔC_q)来判定结果。同时使用福尔马林固定石蜡包埋组织(Formalin Fixed and Paraffin Embedded Tissues, FFPET)样本或在野生型基因组DNA背景下混合质粒进行非临床性能评价,并采用Kappa检验比较MP_mAD与Sanger测序的结果一致性。该方法对KRAS热点突变检测灵敏度至少为3%;凝胶电泳也验证了方法的特异性;重现性的变异系数(coefficient of variation, CV)<15%;同源基因检测未观察到交叉反应。通过分析115例FFPET标本...     

基因调色盘 解读谜样的狗狗被毛颜色

在出生以前,能否成功预测狗宝宝被毛的颜色,这一切似乎和基因相关,但是确实发生过狗宝宝被毛颜色与爸爸妈妈完全不同的情况。今天,我们就以拉布拉多为例,看看拉布拉多狗狗被毛的颜色,由什么决定。由于涉及基因的问题,本文可能晦涩难解,如果缺乏耐心,可以选择性阅读。     

微卫星标记技术在大豆遗传作图中的应用

根据文献报道的序列有选择地合成了２０对ＳＳＲ引物,在用以遗传作图的两个亲本中进行了扩增,有１７对引物的扩增产物具有多态性大小范围为７０－３００ｂｐ。其中扩增产和大小差异小于１０－２０ｂｐ的等位基因可通过４％琼脂糖凝胶电脉分开,介绍了多次眯样和多引物ＰＣＲ技术。Ｘ＾２显著性检验证明其符合孟德尔式遗传方式,遗传连锁分析表明其中三个微卫星标记加锁     

基于竞争性等位基因特异性PCR技术的麦芽品种纯度定性和定量检测

利用测序技术筛选和确认4?个可以区分7?种大麦麦芽的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）位点,并建立区分图谱。同时,利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应检测技术对预混样品进行定量测试,其检测的结果与真实性之间相对误差小于3%。该技术的建立对大麦麦芽纯度检测提供方法,对大麦麦芽SNP指纹数据库的完善提供了数据支持。     

一个应用于MHCⅡ类分子亲和肽预测的集成分类器

分类是数据挖掘和机器学习领域的经典问题,由此产生的分类器目前在许多领域中有着广泛的具体应用。生物信息学作为近几年迅速兴起的交叉学科,自然成为分类器的重点应用方向之一。针对免疫生物信息学中的MHCⅡ类分子亲和肽预测这一重要课题,现阶段已有不少成熟的分类器,但是各分类器表现互有优劣。因而,设计实现一个可以集中各个分类器优势的集成分类器,使其面对尽可能全面的数据集都有稳定表现,就显得十分重要。采用集成学习的方法设计实现一个可以用于预测MHCⅡ类分子绑定情况的分类器,该系统可以将任意数目的预测分类器进行集成,从而达到更好的分类效果。同时,这一分类器集成学习算法可以推广应用到生物信息相关的更广泛领域。     

近似等位基因系小麦盐胁迫下叶绿体超微结构的比较研究

两个近似等位基因系（RH8706－49和H8706－34）在含有1％NaCl的Hagland溶液中分别培养36h,48h,60h，再返回到无盐的Hoagland培养液中培养36h，用透射电镜对两品系在不同处理条件下叶绿体的超微结构进行了观察。结果表明：随着盐胁迫程度的加剧，叶绿体受伤害程度加重，耐盐性较差的H8706－34的叶绿体对盐胁迫更为敏感；盐胁迫解除后，耐盐性较强的RH8706－49叶绿体的外培形态和内部结构都得到一定程度的恢复，耐盐性较差的品系则恢复不好或难以恢复，对两品系类囊体膜的损伤情况进行统计分析，发现RH8706－49类的类囊体膜损伤主要表现为微溶，H8706－34主要表现为重溶，从细胞水平上为RH8706－49的耐卤性优于H8706－34提供了证据，为进一步研究耐盐机理提供了好材料。     

水稻抽穗期基因EHD8的遗传分析及精细定位

抽穗期是水稻重要的农艺性状之一,挖掘特异等位变异形式的抽穗期相关基因,对于改良水稻抽穗期至关重要。通过EMS诱变籼稻品种9311获得一个稳定遗传的早抽穗突变体ehd8。与野生型9311相比,ehd8在南宁自然长日照和南宁自然短日照条件下,分别提前抽穗6.7d和10.2d。此外,在南宁自然短日照条件下,ehd8的株高和每穗粒数比野生型9311显著降低。遗传分析表明,ehd8早抽穗性状受一对隐性核基因控制。EHD8基因被定位在8号染色体短臂上17kb范围内。基因注释信息表明,该定位区间内只有1个预测的候选基因LOC_Os080174500与已知的抽穗期基因EF8等位。序列比对分析发现,与野生型9311相比,ehd8突变体中LOC_Os080174500编码区的第11位碱基发生了G→T置换,造成其所编码蛋白的第四位氨基酸发生了精氨酸→蛋氨酸的置换。EHD8新等位基因的发掘对于丰富水稻特异种质资源以及促进其在水稻育种中的应用具有重要意义。     

预防色盲的4大类食物

色盲患者从小就没有正常辨色能力,因此不易被发现。一般认为,红绿色盲决定于X染色体上的两对基因,即红色盲基因和绿色盲基因。由于这两对基因在X染色体上是紧密连锁的,因而常用一个基因符号来表示。红绿色盲的遗传方式是X连锁隐性遗传。男性仅有一条X染色体,因此只需一个色盲基因就表现出色盲。女性有两条X染色体，因此需有一对致病的等位基因，才会表现异常。一个正常女性如与一个色盲男性婚配，父亲的色盲基因可随X染色体传给他们的女儿，不能传给儿子。     

丝羽乌骨鸡微卫星多态性及其与产蛋性能的关系

选用12个微卫星标记，通过对丝羽乌骨鸡多态性扩增，计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度。通过标记多态性与产蛋性状的最小二乘分析和多重比较，进行了分子标记与产蛋性状的相关分析。结果表明，12个微卫星标记中，9个表现出丰富的多态性。微卫星标记座位平均检测到4．5556个等位基因(3～7个)。9个微卫星标记平均多态信息含量为0．6072。标记平均杂合度为0．7423。通过最小二乘分析，检测到4个标记G31913、X82867、Z95315、G01672与3种性能指标(4个月连产蛋量、开产蛋重、500天产蛋量)存在显著相关。标记G31913中基因型AB的开产体重最小二乘均值最高，Z95315的基因型CC的开产蛋重、开产体重最小二乘均值最高，标记G31913的基因型AB和标记Z95315的基因型CC有望作为开产蛋重、开产体重早期选择辅助标记，标记X82867基因型为CD的产蛋量较低，而基因型为AB的产蛋量相应较高。     

一种基于复数编码的遗传算法

第一次把复数编码的思想应用到遗传算法中去,用复数编码来表达双倍体,并具体规定了遗传操作.每一个复数对应于双倍体的一对等位基因.目标函数自变量的大小由其对应的复数的模决定,符号则由相应复数的幅角决定.与传统的实数编码的遗传算法相比,本算法大大地扩展了表达空间的维数,实验结果证明了本算法的有效性.