传染性法氏囊病病毒疫苗B87株基因组B节段的克隆和序列分析

目的获得传染性法氏囊病病毒(IBDV)疫苗B87株B节段全长cDNA,并对其序列进行分析,为进一步在分子水平上研究病毒基因组的功能、抗原变异和毒力变异奠定基础。方法使用蛋白酶K和酚/氯仿抽提法提取病毒基因组RNA,用LiCl分级沉淀方法纯化病毒基因组dsRNA,通过RT-PCR一步扩增获得B节段的全长cDNA。将其克隆到pGEM-T载体上,然后测序,并用DNAStar软件进行序列分析。结果测序结果表明,克隆的B87株基因组B节段全长为2827bp,与超强毒参考株UK661和HK46的同源性分别为89.8%和89.3%,与强毒参考株Harbin-1和ZJ2000的同源性分别为90.2%和89.5%;与变异毒株GLS的同源性为97.8%;与弱毒参考株CEF94和Gt株的同源性均为99.8%,与P2株的同源性达100%。结论通过对9株IBDV编码氨基酸序列进行分析、比较,推测B节段上10个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。     

重组人成骨蛋白-1基因在大肠杆菌中的克隆和非诱导表达

目的　研究重组人成骨蛋白 -1(rhOP -1)在大肠杆菌中的克隆和非诱导表达。方法　利用RT -PCR技术 ,从正常胎儿肾组织总cDNA中扩增得到rhOP- 1成熟肽基因片段 ,再将rhOP- 1成熟肽基因克隆于原核融合表达载体pGEX- 4T- 2中 ,构建表达质粒pCCBC- OP- 1,并转化到大肠杆菌JM10 9(DE3)中 ,在发酵过程中不添加任何诱导剂。表达产物经SDS -PAGE分析。结果　扩增的目的基因序列与文献报道一致。表达的目的蛋白相对分子质量为 14 0 0 0 ,表达量达到菌体蛋白的 4 0 %。结论　克隆了人OP -1成熟肽基因 ,并实现了rhOP- 1的非诱导高效表达。     

中国狂犬病疫苗CTN-1-V株糖蛋白基因的克隆及序列分析

目的 研究CTN-1-V株糖蛋白(GP)基因结构特性。方法 利用RT-PCR反应从感染CTN-1-V病毒的Vero细胞中获得精蛋白全长cDNA片段,并克隆至PCR2.1载体,进行序列测定。结果 CTN-1-V株糖蛋白cDNA序列长度为1 575个核苷酸,编码524个氨基酸。与国外已测定的相应序列进行同源性比较,其核苷酸同源性为80.8％～92.4％,氨基酸同源性为82.9％～93.3％。结论 进一步了解CTN-1-V株的基因结构,为筛选特异性疫苗株提供理论依据。     

免疫聚类算法在基因表达数据分析中的应用

提出了基于免疫聚类算法的基因表达数据分析方法. 根据基因表达数据矩阵的特点,设计了改进的Consine系数来度量基因相似度;借鉴生物免疫学的有关免疫理论,利用基因表达数据分析的先验知识自适应地改变抗体本身及其与抗原亲合度的关系,构造了基于免疫优势克隆的聚类算法. 与K均值算法和遗传算法的对比实验表明,该算法能够获得较大的类内紧制度、较小的类间分离度,具有较好的工程应用价值.     

不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用

Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因,利用凝集型层次聚类和CPP-SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类分析,最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表明,RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5.0算法和GCRMA算法;CPP-SOM聚类方法挖掘的数据信息更丰富;GSEA富集分析工具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。     

Analysis of associative memories based on cellular neural networks with value-varying templates

ABSTRACT

In many research literatures, the dynamical behaviour of cellular neural networks (CNNs) is simplified by using cloning template. However, the flaws of cloning template are obvious, because the correlation between weights of cells in CNNs is enhanced. In order to overcome the shortcomings of cloning template, value-varying templates can be used in CNNs. In this paper, associative memories based on CNNs with value-varying templates are investigated. A criterion about stability of CNNs is presented. Then, the problem about obtaining parameters of CNNs can be translated into a problem of solving linear equations for each cell. A design procedure of associative memories is given by our theories and methods. From the procedure, the parameters of CNNs can be obtained. Finally, three examples are used to demonstrate the effectiveness of our theories and methods. And the results show that success rate of associative memories is higher than previous methods.     

Identification and Molecular Cloning of Putative Odorant-Binding Proteins from the American Palm Weevil, Rhynchophorus palmarum L.

We have identified and cloned the cDNAs encoding two odorant-binding proteins (OBPs) from the American palm weevil (APW) Rhynchophorus palmarum (Coleoptera, Curculionidae). Degenerate primers were designed from the N-terminal sequences and were used in polymerase chain reaction (PCR) in order to obtain full-length sequences in both males and females. In both sexes, two different cDNAs were obtained, encoding 123 and 115 amino acid-deduced sequences. Each sequence showed few amino acid differences between the sexes. The proteins were named RpalOBP2 and RpalOBP4 for male, RpalOBP2' and RpalOBP4' for female, with the types 2 and 4 presenting only 34% identities. These proteins shared high identity with previously described coleopteran OBPs. In native gels, RpalOBP2 clearly separated into two bands and RpalOBP4 into three bands, suggesting the presence of several conformational isomers. Thus, OBP diversity in this species may rely on both the presence of OBPs from different classes and the occurrence of isoforms for each OBP.     

鲤鱼(Cyprinus Carpio) 促性腺激素基因的克隆、原核表达及多克隆抗体制备

采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从鲤鱼脑垂体获得了两种GtH β亚基的cDNA, 克隆在pMD18-T载体.经测序确证后,将这两个基因克隆到原核表达载体pET -32(a)中,转化E.coli表达菌BL21(DE3),以IPTG诱导融合蛋白的高效表达.利用初步纯化后的抗原免疫新西兰大白兔,制备多克隆抗体.应用制备的兔抗血清与抽提的鲤鱼脑垂体的总蛋白分别进行Western-blot及ELISA分析,结果显示获得的多抗能特异识别各自的天然蛋白.该结果为纯化天然GtH蛋白提供了有效的检测手段,为进一步制备GtH单克隆抗体奠定了基础.     

真鲷肌肉生长抑素(MSTN)基因的克隆及表达分析

采用同源克隆的策略,设计了3对引物,首次分离、克隆了2820bp的真鲷肌肉生长抑素(MSTN)基因组序列,该序列在GenBank上注册(注册登录号为AY965686).经过剪接、比较,分析了真鲷MSTN基因的序列和结构特征.真鲷的MSTN基因具有3个外显子、2个内含子,整个开放阅读框编码着384个氨基酸,第1个外显子上有一个连续11个Q氨基酸的残基,C-末端具有9个保守的半胱氨基酸及一个RVRR的蛋白酶解加工位点.在第1、第2内含子和3'非翻译区上分别具有一个微卫星重复序列.RT-PCR分析表明,MSTN基因在真鲷不同组织中都有表达,但表达量具有明显的差异;MSTN在肌肉中表达量最高,其次是脑、小肠、头肾、鳃和性腺,心脏、眼睛、肝脏中只有极少量表达,脾脏中没有检测到MSTN的表达.     

pEgr-ssEndostatin的构建及其在体外的辐射诱导表达

为探讨pEgr-ssEndostatin重组质粒转染B16细胞后接受不同辐射剂量以及接受同一剂量不同时程endostatin表达的规律。采用RT-PCR方法从鼠肝脏中扩增出Endostatin cDNA,连入信号肽,构建了pEgr-ssEndostatin重组质粒,用脂质体介导的转染法转染小鼠B16细胞,用ELISA方法检测B16细胞上清中endostatin的表达水平。结果表明的分泌型Endostatin序列与报道完全一致,Egr-1启动子和Endostatin cDNA正确插入表达载体pcDNA3．1;pEfr-ssEndostatin具有辐射诱导表达特性。提示小鼠Endostatin基因成功地被克隆和表达,Egr-1启动子具有辐射激活和诱导下游基因表达增强的功能。