巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析

对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征. 在巨魾基因组570 806 968 bp序列中,共筛选出360 235个完整型微卫星,其长度为6 998 449 bp,占基因序列总长度的1.23%. 在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%). 基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC.     

花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究

根据NCBI已公布的花斑无须鲶全基因组序列,利用MISA软件对花斑无须鲶全基因组的6种完整型微卫星进行筛选并分析其分布特征. 结果如下:在花斑无须鲶全基因组(约1.03Gb)中符合条件的微卫星序列共336 037个,丰度为326个/Mb. 微卫星总长度为7 720 686 bp,占花斑无须鲶全基因组的0.75%. 其中二碱基类型的微卫星数目最多,为145 318个,占微卫星总数的43.24%,其次分别为单碱基(37.12%)、三碱基(11.00%)、四碱基(7.39%)、五碱基(1.04%)和六碱基(0.21%). 花斑无须鲶全基因组微卫星中的优势碱基类别按照数量从高到低排列依次为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、TATC、AAG、AAC和TGA,共有305 243个,占微卫星总数的 90.84%,A、T碱基在微卫星中占绝对优势.     

山羊草及普通小麦遗传多样性的研究

使用微卫星荧光标记-全自动基因分析仪(3700 DNA Analyzer)，用43对D染色体组引物标记76份普通小麦、粗山羊草、拟斯卑尔脱山羊草和尾状山羊草品种和材料，将其结果进行聚类分析，共聚成四类：普通小麦被聚成一类，粗山羊草被聚成两类，拟斯卑尔脱山羊草、尾状山羊草和部分来自巴基斯坦的粗山羊草聚成一类。聚类结果与现有的植物学分类的结果相一致。     

美国研究微卫星DNA品种鉴定可用于中国市场中外源牛肉的身份识别

<正>在过去20年中由于牲畜种群流行病爆发(例如牛海绵状脑病、疯牛病和禽流感)和化学污染物(如二噁英的危机和食源性疾病)对饲料的影响,肉制品的安全需求越来越严重,建立一种对牲畜种群和个体全程质量安全追溯制度十分必要。通常采用的方法包括耳标签、瘤胃丸、视网膜分析、DNA标记和设置跟踪装置等。目前美国科学家通过微卫星DNA标记     

基于机器学习的基因组微卫星状态探测方法综述

[目的]探讨机器学习在基因组微卫星状态检测方法中的应用及未来研究方向.[文献范围]本文收集了微卫星状态检测方法相关文献.[方法]首先简要介绍微卫星状态检测的意义和常用的检测手段,其次对目前主流的基于机器学习的检测方法进行详细介绍,最后展望未来机器学习在微卫星状态检测领域中的研究方向.[结果]基于机器学习的检测方法从大量...     

利用微卫星标记分析酿酒酵母的遗传多样性

为研究本土酿酒酵母的种内多态性,以及本土野生酵母与商业酵母之间的差异性,本实验采用4个微卫星标记（ScAAT1、YOR267C、C11、YPL009C）分析18株商业酵母和28株陕西泾阳分离的野生酿酒酵母的遗传多样性,利用PopGen32进行遗传参数的分析。结果表明：4个位点共检测出66个等位基因,每个位点等位基因数为16～18个;平均多态信息含量0.862 3,均为高多态位点;46株菌表现出39种基因型,分辨率为98.94%;观测杂合度0.478 3～0.658 5。野生酵母和商业酵母均具有丰富的遗传多样性,两个群体各具有自己独特的等位基因,且两者在聚类图中有较清晰的界线。     

葡萄霜霉菌基因组DNA不同提取方法的比较

为了从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记（SSR）实验所需基因组DNA,本文分析了4种不同的真菌DNA提取方法对霜霉菌样品的提取效果。结果发现,改良的CTAB法提取的基因组DNA得率最高;FungalDNAoutKit法提取的DNA纯度最高;尿素法所用时间最短;蜗牛酶法所用时间最长。由于可用于提取DNA的霜霉菌样品极其有限,加之SSR实验对DNA质量要求不是很高,所以综合考虑得率、纯度、提取时间、经济成本以及PCR结果等因素认为,要从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记（SSR）实验所需基因组DNA,改良的CTAB法是较理想的提取方法。     

国际新闻

新加坡准备发射首颗卫星X-Sat X-Sat卫星是新加坡卫星技术研究中心（CREST）实施技术验证任务的一颗微卫星。卫星技术研究中心由新加坡南洋理工大学与新加坡DSO国家实验室合资成立，专为此项目而设立。X—Sat卫星由韩国的Satrec Initiative公司建造，采用的是SI-100平台，卫星重100kg-120kg。     

英萨里卫星公司庆祝UoSAT-2微卫星在轨运行30年

据每日航天网站2014年3月9日报道，英国萨里卫星技术有限公司（SSTL）和萨里航天中心正在庆祝“萨里大学卫星”-2（UoSAT-2）微卫星在轨运行30年。     

罗非鱼“粤闽1号”母本选育群体世代间遗传差异的微卫星分析

为了揭示罗非鱼"粤闽1号"母本——尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus的遗传背景及其选育群体世代间的遗传变异,采用13对荧光标记微卫星引物分析了罗非鱼"粤闽1号"母本3个不同选育世代(F2、F4和F6世代)的遗传多样性和遗传结构,并进一步分析了它们与高要(GY)、惠州(HZ)、茂名(MM)和无锡(WX)4个尼罗罗非鱼地理群体之间的遗传关系。结果表明:F2、F4和F6 3个选育世代的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon指数和多态性信息含量等遗传多样性参数均呈现出随着选育世代增加而降低的趋势,但仍表现为高度多态性(PIC>0.5);4个尼罗罗非鱼地理群体的遗传多样性依次为GY群体> MM群体> HZ群体> WX群体,其中GY群体、MM群体和HZ群体的遗传多样性显著高于3个选育世代;随着罗非鱼"粤闽1号"母本的选育世代增加,世代间遗传距离(D_a)逐渐增大(F2～F4的D_a=0.155 6,F4～F6的D_a=0.375 7),遗传分化系数(F_(ST))也逐渐升高(F2～F4的F_(ST )=0.036 4,F4～F6的F_(ST )=0.111 1);在UPGMA系统进化树中,3个选育世代群体与HZ群体、GY群体聚为一支,说明它们的遗传背景相近;罗非鱼"粤闽1号"3个选育世代母本的与4个地理群体中的GY、HZ和MM群体之间遗传分化中等,与WX群体之间遗传分化较大。研究表明:罗非鱼"粤闽1号"母本的选育群体在选育过程中遗传多样性出现下降趋势,遗传分化不断加剧,F6与F2、F4遗传分化中等,但仍保持着较高遗传多样性,具有进一步选育潜力;4个尼罗罗非鱼地理群体中GY群体的遗传多样性最高,与选育群体F6的遗传距离适中(D_(a )<0.54),可作为潜在的引种群体与罗非鱼"粤闽1号"母本的选育群体进行杂交,从而提高其遗传多样性。