流动注射-化学发光法在BSA构象变化研究中的应用

建立了一种基于鲁米诺(luminol)化学发光的流动注射-化学发光系统,考察了蠕动泵流速、luminol浓度等对系统发光强度的影响,确定了最佳实验参数,并采用该系统对BSA的构象变化活性进行研究。结果表明,BSA在碱性环境中可显著增强luminol的发光强度,华法林对于BSA/luminol体系发光强度的抑制作用在一定浓度范围内(0.1～1600μmol·L~(-1))呈现良好的线性关系。该方法稳定性高,结果可靠且易于操作,可为其他功能蛋白质构象变化活性表征提供方法学的借鉴。     

聚甲基丙烯酰氧乙基二甲基丁烷基溴化铵共振光散射法测定核酸

通过光谱法研究聚甲基丙烯酰氧乙基二甲基丁烷基溴化铵(PMDB)和核酸的作用。结果表明通过共振光散射法用PMDB检测微量的DNA可靠、准确和简单。     

黄腐酸结构、构象和聚集过程的分子模拟研究

自然界中广泛存在着的腐植物质(HS)有多种化学反应能力,诸如矿物质的风化、养分的生物有效利用和污染物的迁移等相关的生物地球化学反应能力。腐植物质的反应性取决于其官能团的化学特性与微观结构,同时又受到周围环境及介质组分的影响。为了更好地了解腐植物质在水、土壤中的结构、构象以及聚集过程,文中描述了以伯明翰东北部庙宇(TNB)的样本,按离子或非离子的黄腐酸分子结构建模研究的过程。该理论研究结果和黄腐酸的溶解度(偶极矩)、电子和振动光谱等一些实验研究的结果能很好的吻合。其中水分子的存在对静电有很大的稳定作用,并且随着离子化程度的增加,这种作用变得更强。在真空中,由于氢键和非键力相互作用增加,未离子化的聚集体比单体更稳定。因此,随着黄腐酸分子的离子化,聚集作用将不再发生。在溶液中,黄腐酸的浓度是聚集的关键因素。若当量浓度太低,含有两个黄腐酸的系统就不可能发生聚集,但是随着当量浓度的提高,系统中聚集体的数量也将上升,情况就发生改变。离子态是聚集的另一个关键因素。离子态的黄腐酸分子有着更高的负电荷,而这会增强能量势垒,阻碍由布朗运动引起的黄腐酸分子的相互接近。     

Preparation and characterization of PEGDE crosslinked silk fibroin film

To obtain water-insoluble silk fibroin(SF) materials, polyethylene glycol diglycidyl ether(PEG-DE) was selected as a crosslinking agent to prepare SF films(blends). The reaction conditions were optimized for the crosslinking of the SF molecules. The hot water stability of the blends was measured using BCA protein assay and gravimetric analysis. The molecular conformation and crystalline structure of the blends were analyzed by FTIR and XRD, respectively. When the mass ratio of SF:PEG-DE was 1.0:0.8, the hot water loss rate of the SF blends was minimized. PEG-DE could induce SF molecules to form β-sheets during the gel reaction process, resulting in improved crystallinity and hot water dissolved resistance of the blend films. In order to demonstrate the cytotoxicity of the chemical reagents used to crosslink SF, L929 cells were seeded on the blend film(SF:PEG-DE = 1:1) and cultured for 3 days. Cells of L929 readily adhered and spread in the fusiform on the blend film resulting in high cell viability. The extracted liquid from the SF porous film did not inhibit cell proliferation, as estimated by the MTT assay.     

氧化石墨烯掺杂丝素蛋白复合材料的结晶和力学特性

采用溶液混合法制备丝素蛋白(SF)/氧化石墨烯(GO)复合材料,并用扫描电镜(SEM)、傅里叶变换红外光谱、X射线衍射、动态力学分析表征了丝素蛋白分子链构象、微观形态和动态力学性能。结果表明,GO的掺杂促使SF向β-折叠构象转变,并且随着GO含量的提高,β-折叠的含量和材料拉伸储能模量(E')呈现先增后减的变化趋势,当GO质量分数为1.0%时达到最大值,此时复合材料的E'较SF膜提高了约157%。     

动态小生境半径两阶段多模态差分进化算法

针对多模态优化问题, 提出一种动态小生境半径两阶段多模态差分进化算法. 基于构象空间退火思想, 设计一种两阶段退火策略来动态调整小生境半径, 并根据退火过程将整个优化过程分为两个阶段. 在第1 阶段, 通过差分限制变异策略生成高质量的新个体来维持种群的多样性, 促进多模收敛; 在第2 阶段, 利用种子邻近变异策略对已探测到的生境高度搜索, 加快算法的收敛速度. 实验结果表明, 所提出算法能够有效实现从全局探测到局部增强的自适应平滑过渡, 是一种有效的多模态优化算法.

     

牦牛α-乳白蛋白基因单核苷酸多态性分析

为明确牦牛乳中α-乳白蛋白遗传多样性,以α-乳白蛋白基因(LAA)的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和IV外显子为研究对象,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对麦洼牦牛的LAA进行分析,旨在从分子水平揭示LAA在牦牛乳中遗传多样性分布. 牛属不同来源的α-乳白蛋白基因的编码序列被用于构建系统发育树. 结果表明,牦牛乳中LAAⅠ外显子区域以杂合体形式存在,并发现了一个新变异体JN084189. 不同来源LAA的系统发育树分析表明,LAA在进化上存在一定的物种特异性.     

茂金属聚乙烯催化剂结构与活性关系的分子模拟研究

利用分子模拟技术对一系列茂金属聚乙烯催化剂的结构进行了优化，计算了乙烯插入过程中不同中间态产物的能量，考察了中间态产物的构象能与茂金属聚乙烯催化剂活性之间的关系。发现两种中间态产物构象能的差与活性之间有着很好的对应关系。这一规律可帮助优化茂金属聚乙烯催化剂的结构，理性开发性能更加优良的茂金属聚乙烯催化剂。     

利用奇异值分解最小二乘法(SVDLS)解析蛋白质的现场光谱电化学圆二色(CD)谱

圆二色谱仪是研究蛋白质二级结构的有力工具，能在远紫外区测出蛋白质的二级结构的各种构象。通常的蛋白质二级结构有α-螺旋、β-折叠、反β-折叠、β-转角及无规则卷曲五种构象，实际观测到的CD谱是这几种二级结构构象CD谱的线性加和。本文利用了奇异值分解最小二乘算法(SVDLS)，并编译相关程序解析现场外加电压电解条件下的蛋白质溶液的CD谱，得到几种二级结构构象的组分分布。所得结果与文献报道上的其他方法如SELCON3等相比较，证明是一种快速和有效的方法。     

脯氨酸肽键数据集的构建

由分辨率<0.25nm,同一性(identity)<30％的2401条肽链中计算提取了全部顺式与反式脯氨酸肽键的位置,数目分别为1221个与26401个,从而建立了一个较大规模的脯氨酸肽键数据集。统计分析了该数据集的基本特征:肽键N端残基的分布、N端残基的二面角统计、在二级结构中的分布情况、顺式肽键在脯氨酸肽键中所占比例。此数据集对于进一步研究顺反X-Pro肽键的结构、与氨基酸序列之间的关系,以及肽链折叠动力学具有重要作用。