甲烷囊菌属特异性引物的设计及其在古井贡酒窖泥质量评价中的初步应用

甲烷囊菌(Methanoculleus)作为优势甲烷菌存在于浓香型白酒的窖泥中,该研究对古井贡酒窖泥中含量最多的30个属的16S rDNA全长代表序列进行傅里叶转换多序列比对(MAFFT),得到114个可能的甲烷囊菌特异性单核苷酸多态性(SNP)位点。对SNP位点在甲烷囊菌属内和属外5000多条序列进一步甄别,找出了3个效果最好的SNP位点,利用其中1个位点和半随机引物-聚合酶链反应(SAP-PCR)技术原理设计了两对特异性引物。以窖泥宏基因组为模板,成功扩增出了甲烷囊菌的相应序列。将引物应用于18个古井窖泥样本的实时定量聚合酶链反应(RT-QPCR)分析,结果表明,老厂优质窖泥中甲烷囊菌的相对含量远远高于新厂普通窖泥(最高达4000多倍)。利用本研究的方法原则上可以设计任意其他菌属在复杂菌群背景下的特异性引物。