| 基于蚁群遗传算法的氨基酸序列比对方法 |
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| 引用本文： | 郭俊恩,王士同,徐红林.基于蚁群遗传算法的氨基酸序列比对方法[J].计算机应用,2007,27(6):1434-1437. |
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| 作者姓名： | 郭俊恩 王士同 徐红林 |
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| 作者单位： | 1. 江南大学,信息工程学院,江苏,无锡,214122
2. 江南大学,信息工程学院,江苏,无锡,214122;南京大学,软件新技术国家重点实验室,江苏,南京,210016 |
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| 基金项目： | 江苏省自然科学基金
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国家重点实验室基金
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江苏省重点实验室基金 |
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| 摘 要： | 蚁群遗传算法是在蚁群算法的基础上用遗传算法对其参数进行优化而产生的一种改进算法。把蚁群遗传算法应用于生物信息学中的氨基酸序列比对上，从而提出了一种新颖的蚁群遗传序列比对算法，实验结果表明这种新颖的序列比对算法是非常有效的。
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| 关 键 词： | 序列比对 生物信息学 蚁群算法 蚁群遗传算法 氨基酸序列 |
| 文章编号： | 1001-9081（2007）06-1434-04 |
| 收稿时间： | 2006-12-04 |
| 修稿时间： | 2006-12-04 |
Title amino acid sequence alognment algorithm based on ant colony optimization genetic algorithm |
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| GUO Jun-en,WANG Shi-tong,XU Hong-lin.Title amino acid sequence alognment algorithm based on ant colony optimization genetic algorithm[J].journal of Computer Applications,2007,27(6):1434-1437. |
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| Authors: | GUO Jun-en WANG Shi-tong XU Hong-lin |
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| Affiliation: | 1. School of Information Engineering, Southern Yangtze University, Wuxi Jiangsu 214122, China; 2. State Key Laboratory for Novel Software Technology, Nanjing University, Nanjing Jiangsu 210016, China |
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| Abstract: | Based on ant colony optimization algorithm, Ant Colony Optimization Genetic Algorithm (ACOGA) is an improved algorithm by optimizing ant colony optimization algorithm's parameters. In this paper, ACOGA was applied to amino acid Sequence Alignment (SA) in bioinformatics and the ACOGA based sequence alignment algorithm (ACOGA SA) was derived. The experimental results indicate that the proposed ACOGA SA is very effective. |
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| Keywords: | sequence alignment bioinformatics ant colony optimization algorithm Ant Colony Optimization Genetic Algorithm (ACOGA) amino acid sequence |
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