| 基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略在VBNC状态乳杆菌转录组学研究中的应用 |
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| 引用本文： | 徐振波,侯玉超,刘君彦,邓阳,张霞,李冰,李琳.基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略在VBNC状态乳杆菌转录组学研究中的应用[J].现代食品科技,2016,32(7):124-129. |
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| 作者姓名： | 徐振波 侯玉超 刘君彦 邓阳 张霞 李冰 李琳 |
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| 作者单位： | （1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）（2.美国马里兰大学微生物病理系，巴尔的摩 MD21201）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）,（1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640） |
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| 基金项目： | 国家973计划项目“食品加工过程安全控制理论与技术的基础研究”（2012CB720800）；国家自然科学基金青年基金项目“食品加工过程中金黄色葡萄球菌生物被膜行为的分子机制研究”（31201362）；广东省优秀博士学位论文作者资助项目“食品体系中典型病原微生物关键致毒与有害因子监控平台研究”（K3140030）；中国博士后科学基金面上项目（2014M552204） |
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| 摘 要： | 本文应用有参考基因组组装策略对一株提取自啤酒中的乳杆菌的两种生理状态进行转录组学分析。利用基因组测序技术得到此株乳杆菌的全部基因组信息之后,把此株乳杆菌用低温诱导至VBNC状态,对正常状态和VBNC状态乳杆菌提取总RNA。对RNA质量进行验证,将符合要求的RNA进行逆转录形成c DNA,之后进行文库构建和Solexa测序。通过相关指标对测序结果进行评估,之后以此前获得的全基因组序列为对照,进行转录组与基因组的序列比对和基因表的达差异分析。结果显示比对率大于95%,表达上调的基因有21个,表达下降的基因有7个。本文所应用的基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略与常规De novo RNA-Seq策略相比,省却De novo拼接与组装的繁琐步骤,具有更高的准确性,为今后食品微生物在不同生理状态中分子调控机制的研究提供重要基础。
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| 关 键 词： | 乳杆菌 转录组 VBNC |
| 收稿时间： | 2015/7/15 0:00:00 |
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