| 超级多重基因组序列比对算法 |
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| 引用本文： | 呼广跃,沈世镒. 超级多重基因组序列比对算法[J]. 计算机工程与应用, 2005, 41(27): 13-15 |
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| 作者姓名： | 呼广跃 沈世镒 |
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| 作者单位： | 南开大学数学科学学院LMPC,天津,300071;南开大学数学科学学院LMPC,天津,300071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（编号：10271061,90208022）;天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助 |
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| 摘 要： | 大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min。论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计。
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| 关 键 词： | 多重序列比对 " 模代数" 理论 后缀树 锚定 |
| 文章编号： | 1002-8331-（2005）27-0013-03 |
| 收稿时间： | 2005-07-01 |
| 修稿时间： | 2005-07-01 |
Super Multiple Genome Alignment |
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| Hu Guangyue,Shen Shiyi. Super Multiple Genome Alignment[J]. Computer Engineering and Applications, 2005, 41(27): 13-15 |
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| Authors: | Hu Guangyue Shen Shiyi |
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| Affiliation: | School of Mathematic Science of Nankai University,LMPC,Tianjin 300071 |
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| Abstract: | To compare large genomic DNA sequences of related organisms and of different species,researchers need efficient methods to align many long sequences.We develop a new tool Super Multiple Genome Alignment(SMGA for short),a new system specially for rapid multiple global alignment of genomic sequences.SMGA can align a data set of average length 5M of 9 enterobacterial genomic sequences in about 35min on a PC whose main frequency is 2.8G.We have compared our methods with other methods through extensive simulations of genome evolution. |
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| Keywords: | multiple sequence alignment modulus structure suffix tree anchor |
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