| 基于遗传算法的基因分类 |
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| 引用本文： | 蔡立军,林亚平,卢新国,易叶青,李小龙. 基于遗传算法的基因分类[J]. 电子学报, 2006, 34(11): 2115-2119 |
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| 作者姓名： | 蔡立军 林亚平 卢新国 易叶青 李小龙 |
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| 作者单位： | 湖南大学计算机与通信学院,湖南长沙,410082;湖南大学软件学院,湖南长沙,410082;湖南大学软件学院,湖南长沙,410082;湖南大学计算机与通信学院,湖南长沙,410082;湖南大学计算机与通信学院,湖南长沙,410082 |
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| 摘 要： | 独立分量分析(ICA)是应用于基因分类的一种统计方法.但独立分量分析中的估计分离矩阵算法主要采用了随机梯度算法、自然梯度算法,这些基于梯度下降的寻优算法很容易陷入局部极值,所得结果不精确.本文提出了一种基于遗传算法的基因分类算法,其基本思想是利用遗传算法代替独立分量分析中的传统的估计分离矩阵算法,对基因表达式数据进行分类,从而克服了结果不精确的问题.分析和实验结果表明,该分类方法获得了更好的分类效果.
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| 关 键 词： | 基因分类 基因表达阵 独立分量分析 遗传算法 |
| 文章编号： | 0372-2112（2006）11-2115-05 |
| 收稿时间： | 2006-05-13 |
| 修稿时间： | 2006-05-132006-08-06 |
Gene Clustering Based on Genetic Algorithm |
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| CAI Li-jun,LIN Ya-ping,LU Xin-guo,YI Ye-qing,LI Xiao-long. Gene Clustering Based on Genetic Algorithm[J]. Acta Electronica Sinica, 2006, 34(11): 2115-2119 |
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| Authors: | CAI Li-jun LIN Ya-ping LU Xin-guo YI Ye-qing LI Xiao-long |
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| Affiliation: | 1. School of Computer and Communication,Hunan University,Changsha,Hunan 410082,China;2. School of Software,Hunan University,Changsha,Hunan 410082,China |
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| Abstract: | Independent component analysis(ICA) is a statistical method applied to gene cluttering.Estimative separation matrix algorithm of ICA uses mainly Random Gradient Algorithm or Natural Gradient Algorithm.And yet these algorithms can only get the partial optimized solution.This paper proposes a new algorithm of gene clustering based on genetic algorithm.The key idea is by using genetic algorithm instead of previous estimative separation matrix algorithms in ICA to classify gene expression data.The former has an advantage of overcoming partial optimized solution.The analysis and experiments support our conclusion that gene clustering based on genetic algorithm has better performance. |
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| Keywords: | gene clustering gene expression array independent component analysis(ICA) genetic algorithm |
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