| 香菇EST资源的SSR信息分析 |
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| 引用本文： | 王艳芳,赵彦宏,王爱云,王芹芹,刘林德,周瑞莲,于晓飞. 香菇EST资源的SSR信息分析[J]. 食品科学, 2010, 31(1): 137-140. DOI: 10.7506/spkx1002-6630-201001032 |
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| 作者姓名： | 王艳芳 赵彦宏 王爱云 王芹芹 刘林德 周瑞莲 于晓飞 |
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| 作者单位： | 鲁东大学生命科学学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(30800682;30860221); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项基金项目(XJSYWFZX2008-22); 鲁东大学科研基金项目(LY20073303) |
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| 摘 要： | 对来源于NCBI 公共数据库的12144 条香菇(Lentinus edodes)EST 序列进行简单重复序列SSR 搜索。结果表明：在这些香菇EST 序列中共有359 个SSR 位点，46 种SSR 的重复单元，其中2 碱基重复243 条(67.69%)，3 碱基重复114 条(31.76%)，5 碱基重复1 条(0.28%)，6 碱基重复1 条(0.28%)。平均33.8 条EST 序列中有1 个SSR。SSR的碱基总数达7727kb，约占整个EST 序列碱基数的2.94%。本实验还根据搜索结果设计了100 条香菇EST-SSR 引物，并随机合成了20 对引物。以4 个野外采集的香菇DNA 为模板，对引物进行了筛选与评价，有16 对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物，其中11 对引物的产物存在遗传多态性。结果表明本实验设计开发的香菇的EST-SSR标记是可行且有效的。
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| 关 键 词： | 香菇 SSR EST 引物 |
| 收稿时间： | 2009-03-11 |
Analysis of SSR Information in EST Resource of Lentinus edodes |
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| WANG Yan-fang,ZHAO Yan-hong,WANG Ai-yun,WANG Qin-qin,LIU Lin-de,ZHOU Rui-lian,YU Xiao-fei. Analysis of SSR Information in EST Resource of Lentinus edodes[J]. Food Science, 2010, 31(1): 137-140. DOI: 10.7506/spkx1002-6630-201001032 |
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| Authors: | WANG Yan-fang ZHAO Yan-hong WANG Ai-yun WANG Qin-qin LIU Lin-de ZHOU Rui-lian YU Xiao-fei |
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| Affiliation: | College of Life Science, Ludong University, Yantai 264025, China |
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| Abstract: | Simple sequence repeats(SSRs) were investigated in 12144 qualified ESTs downloaded from Nucleotide ESTs database of Lentinula edodes in NCBI.There were 359 SSRs in all the ESTs sequences of Lentinus edode,which were composed of 243 di-(67.69%),114 tri-(31.76%),1 penta-(0.28%) and 1 hexa-(0.28%) nucleotide SSRs.The estimated frequency of SSRs was approximately 1 SSR per 33.8 ESTs.Total length of SSRs was 7727 kb,accounting for about 2.94% of total ESTs sequences.In addition,we selected 100 ESTs sequences in ... |
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| Keywords: | Lentinus edodes SSR EST primers |
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