| 蛋白质二级结构的条件隐Markov性及其预测问题 |
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| 引用本文： | 沈世镒,阮吉寿. 蛋白质二级结构的条件隐Markov性及其预测问题[J]. 工程数学学报, 2003, 20(3): 117-124 |
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| 作者姓名： | 沈世镒 阮吉寿 |
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| 作者单位： | 南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071;南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(10271061)，天南大联合研究项目，刘徽应用数学研究中心. |
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| 摘 要： | 蛋白质二级结构预测问题自1957年首次被提出迄今已有40多年了，从知道的文献中可以得出如下信息：在统计意义之下，蛋白质序列中氨基酸之间的相互作用较弱，所以，统计方法中所依赖的独立性假设虽然不是从物理背景中得来的，但的确有其合理性和方便之处；交互信息准则优于均方误差准则；信息和统计的思想和方法在预测二级结构中不可低估；加入蛋白质的一级结构之外的信息可帮助提高二级结构预测的精度；而直接从一级结构出发无附加信息的情况下预测二级结构，现存在的预测方法的预测精度仍然无较大突破；预测精度和所使用的蛋白质样本序列在总体样本中的覆盖率，是评估各种预测方法的有效性的两个重要指标。本文作者建立了一个集蛋白质一、二级结构为一体联合结构模型，并将上述信息囊括在其中。由该模型首先得到蛋白质一、二级结构的信息与统计特性，然后利用这些特性分别对蛋白质一、二级结构中各种变量的信息传递关系及隐Markov性进行定量分析和确切地统计描述。最后给出直接从一级结构出发预测二级结构的几个原则。
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| 关 键 词： | 蛋白质一、二级结构的联合结构模型 三肽链 二级结构预测精度和覆盖率 隐Markov性 |
| 文章编号： | 1005-3085(2003)03-0117-08 |
| 修稿时间： | 2002-06-10 |
The Conditional Hidden Markovity of the Secondary Structure of Proteins and the Prediction of the Secondary Structure |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | joined model of primary and secondary structure triple-residue prediction accuracy hidden markovity |
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