| 一种用于多重生物序列比对的协同进化算法 |
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| 引用本文： | 张树波.一种用于多重生物序列比对的协同进化算法[J].计算机应用与软件,2010,27(8). |
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| 作者姓名： | 张树波 |
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| 作者单位： | 中山大学数学与计算科学学院,广东,广州,510275;广东省信息安全重点实验室,广东,广州,510275 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助 |
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| 摘 要： | 序列比对是生物序列分析的一项基础性工作,多重生物序列比对可以帮助预测未知序列的结构和功能.在传统遗传算法的基础上,提出了一种用于多重生物序列比对的协同进化算法,通过引进协同进化机制,使得保守区域和位点以较高的概率传给子代,而非保守区域和位点以较低的概率传给子代.在BAliBASE3.0数据库上,该方法获得比常用的比对算法ClustralX更高的适应度,比传统的遗传算法具有更好的收敛性.
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| 关 键 词： | 多重序列比对 协同进化算法 选择算子 交叉算子 变异算子 保守区域 |
CO-EVOLUTIONARY ALGORITHM FOR MULTIPLE BIOLOGICAL SEQUENCE ALIGNMENT |
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| Zhang Shubo.CO-EVOLUTIONARY ALGORITHM FOR MULTIPLE BIOLOGICAL SEQUENCE ALIGNMENT[J].Computer Applications and Software,2010,27(8). |
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| Authors: | Zhang Shubo |
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| Keywords: | |
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