| 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现 |
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| 引用本文： | 费辉,张云泉,王靖.基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[J].计算机科学,2012,39(6):285-288. |
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| 作者姓名： | 费辉 张云泉 王靖 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室 北京100190;中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室 北京100190;中国科学院研究生院 北京100190
2. 中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室 北京100190;中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室 北京100190 |
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| 基金项目： | 中科院知识创新工程重大项目 |
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| 摘 要： | QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案———GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。
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| 关 键 词： | 非标记定量 蛋白质组 QuantWiz GPU 并行计算 |
Parallelization of Label-free Protein Quantification Software QuantWiz Based on GPU |
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| FEI Hui
,
ZHANG Yun-quan
,
WANG Jing.Parallelization of Label-free Protein Quantification Software QuantWiz Based on GPU[J].Computer Science,2012,39(6):285-288. |
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| Authors: | FEI Hui ZHANG Yun-quan WANG Jing |
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| Affiliation: | 1,2(Laboratory of Parallel Software and Mathematic Science,Institute of Software,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China)1(State Key Laboratory of Computer Science,Institute of Software,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China)2(Graduate University,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China)3 |
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| Abstract: | QuantWiz is a label-free ctuantitative software based on mass spectrometry, well used in ctuantitative pro-
teomics. The increasing experimental data causes the enormous workload. Having hundreds of GFlops or even hFlops
performance, GPU can speed up such compute-intensive quantitative proteomics applications. This article analyzed the
software QuantWiz,to find the hotspot module of this software. Then we presented an accelerated program on GPU for
this software called GPU-QuantWiz and implemented it under CUDA Framework. Statistical performance results show
that the accelerated program can achieve good performance, with 9. 66 speedup. Moreover, our algorithm can be exten-
ded on two or more GPUs,with a good scalability. |
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| Keywords: | Label-free quantification Proteome QuantWiz UPU Parallel computing |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
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