| 基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别 |
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| 引用本文： | 张俊鹏,贺建峰. 基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别[J]. 数据采集与处理, 2015, 30(1): 155-163 |
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| 作者姓名： | 张俊鹏 贺建峰 |
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| 作者单位： | 大理学院工程学院;昆明理工大学信息工程与自动化学院 |
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| 基金项目： | 大理学院青年教师科学研究基金(KYQN201203)资助项目;云南省应用基础研究计划青年(2013FD038)资助项目;国家自然科学基金(20120033)资助项目 |
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| 摘 要： | 借助mRNAs分析MicroRNAs(miRNAs)的研究已经用于阐述miRNAs调控机理,但是它们大部分的准确功能仍然处于未知状态。基于此,本文提出了一种基于LDA(Latent Dirichlet allocation)主题模型来识别特定生物条件下miRNAs和靶标mRNAs之间的调控模块。该模型首先利用Welch′s t-检验挖掘具有差异表达的miRNAs和mRNAs,然后采用折叠Gibbs抽样法进行参数估计。在上皮细胞-间充质细胞转型(Epithelial to Mesenchymal transition,EMT)数据集中的结果表明,所识别出的功能性miRNA-mRNA调控模块(FMRMs)能够构造不同生物条件下miRNAs与mRNAs之间的调控关系,从而为了解EMT生物过程和miRNA靶标治疗提供新的视角。与基于K-means聚类算法比较,LDA主题模型比K-means聚类在挖掘FMRMs上更加有效。
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| 关 键 词： | LDA主题模型 miRNA miRNA-mRNA调控模块 上皮细胞-间充质细胞转型 K-means聚类 |
Identifying of Functional miRNA-mRNA Regulatory Modules Based on LDA Topic Model |
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| Zhang Junpeng,He Jianfeng. Identifying of Functional miRNA-mRNA Regulatory Modules Based on LDA Topic Model[J]. Journal of Data Acquisition & Processing, 2015, 30(1): 155-163 |
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| Authors: | Zhang Junpeng He Jianfeng |
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| Affiliation: | Zhang Junpeng;He Jianfeng;Faculty of Engineering,Dali University;Faculty of Information Engineering and Automation,Kunming University of Science and Technology; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | LDA topic model miRNA miRNA-mRNA regulatory modules epithelial to mesenchymal transition K-means clustering |
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