| 基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测方法 |
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| 引用本文： | 刘丹,赵森,颜志良,赵静,王会青.基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测方法[J].计算机科学,2021,48(10):114-120. |
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| 作者姓名： | 刘丹 赵森 颜志良 赵静 王会青 |
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| 作者单位： | 太原理工大学信息与计算机学院 太原030606 |
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| 摘 要： | 作为一类小的非编码RNA,miRNA的异常调控与人类疾病的发生和发展密切相关,研究miRNA与疾病的关联对于了解人类疾病致病机制具有重要意义.机器学习方法被广泛应用于miRNA-疾病关联预测,然而现有方法仅仅考虑了miRNA与疾病相似性网络信息,忽略了相似性网络的拓扑结构.因此,文中提出基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测模型SAEMDA,该模型采用重启随机游走获取miRNA与疾病相似性网络的拓扑结构特征,用堆叠自动编码器提取miRNA与疾病的抽象低维特征,将得到的低维特征输入深度神经网络进行miRNA-疾病关联预测.SAEMDA模型在5折交叉验证中取得了较好的结果,并在结肠癌和肺癌两个案例中进行了验证.在结肠癌的案例中,此模型预测的前50个miRNA-疾病关联中的45个miRNA在数据库中得到了验证;在肺癌的案例中,排名前50的miRNA均在数据库中得到了验证.
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| 关 键 词： | miRNA-疾病关联 相似性网络 拓扑结构 重启随机游走 堆叠自动编码器 |
miRNA-disease Association Prediction Model Based on Stacked Autoencoder |
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| LIU Dan,ZHAO Sen,YAN Zhi-liang,ZHAO Jing,WANG Hui-qing.miRNA-disease Association Prediction Model Based on Stacked Autoencoder[J].Computer Science,2021,48(10):114-120. |
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| Authors: | LIU Dan ZHAO Sen YAN Zhi-liang ZHAO Jing WANG Hui-qing |
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