| GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化 |
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| 引用本文： | 欧阳刘彬,孙衍华,刘继凤,金钟,陆忠华,迟学斌.GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化[J].计算机工程,2009,35(20):242-245. |
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| 作者姓名： | 欧阳刘彬 孙衍华 刘继凤 金钟 陆忠华 迟学斌 |
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| 作者单位： | 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京,100190 |
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| 基金项目： | 国家"863"计划基金资助项目"高性能计算化学应用系统"，中国科学院知识创新工程青年人才领域基金资助项目 |
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| 摘 要： | 基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol，其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题，给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法，通过GridMol和其他分子可视化软件的性能比较以及自身优化前后的性能比较，证明优化方法取得了良好的效果。
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| 关 键 词： | 分子可视化 分子建模 性能分析 GridMol系统 |
| 修稿时间： | |
Performance Optimization for Protein Visualization and Modeling in GridMol System |
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| OUYANG Liu-bin,SUN Yan-hua,LIU Ji-feng,JIN Zhong,LU Zhong-hua,CHI Xue-bin.Performance Optimization for Protein Visualization and Modeling in GridMol System[J].Computer Engineering,2009,35(20):242-245. |
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| Authors: | OUYANG Liu-bin SUN Yan-hua LIU Ji-feng JIN Zhong LU Zhong-hua CHI Xue-bin |
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| Affiliation: | (Super Computing Center of Computer Network Information Center, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190) |
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| Abstract: | GridMol is a computational chemistry system for pre-processing and post-processing, which is based on the idea of grid computing. Its main functions include molecular visualization, molecular modeling and job submission. This paper analyzes the performance issues in GridMol system and presents techniques to optimize the performance by re-organizing Java 3D scene graphs. It demonstrates the effectiveness of the techniques by comparing GridMol with another molecular visualization software. |
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| Keywords: | molecular visualization molecular modeling performance analysis GridMol system |
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