| 基于Java的基因本体工具包 |
| |
| 引用本文： | 张国庆,骆清铭,鲁强,李亦学. 基于Java的基因本体工具包[J]. 高技术通讯, 2006, 16(7): 735-739 |
| |
| 作者姓名： | 张国庆 骆清铭 鲁强 李亦学 |
| |
| 作者单位： | 华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室,武汉,430074;上海市生物信息技术中心,上海,200235 |
| |
| 基金项目： | 高比容电子铝箔的研究开发与应用项目 , 科技部科研项目 |
| |
| 摘 要： | 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
|
| 关 键 词： | 基因本体 解析器 图模型 语义相似性 |
| 收稿时间： | 2005-10-24 |
| 修稿时间： | 2005-10-24 |
A Java toolkit for gene ontology |
| |
| Zhang Guoqing,Luo Qingming,Lu Qiang,Li Yixue. A Java toolkit for gene ontology[J]. High Technology Letters, 2006, 16(7): 735-739 |
| |
| Authors: | Zhang Guoqing Luo Qingming Lu Qiang Li Yixue |
| |
| Affiliation: | Hubei Bioinformatics and Molecular Imaging Key Laboratory, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074;Shanghai Center for Bioinfomation Technology, Shanghai 200235 |
| |
| Abstract: | Aiming at the requirement of gene ontology,a toolkit for gene ontology based on Java is designed and implemented.It is consisted of four modules: the parser module that loads GO into the memory,the graph data structure module that records the relations among all the GO terms,the semantic similarity module that evaluates how two GO terms are similar,and the visualization module that illustrates the paths between GO terms and root nodes.An ontology browser integrates the four modules,and biological data that are annotated by GO can be analyzed by GO4J. |
| |
| Keywords: | gene ontology parser graph model semantic similarity |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
