| 底物结合对谷氨酰胺结合蛋白运动模式的影响 |
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| 引用本文： | 程谦伟,刘小燕,孙庭广. 底物结合对谷氨酰胺结合蛋白运动模式的影响[J]. 北京工业大学学报, 2017, 43(12). DOI: 10.11936/bjutxb2017050010 |
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| 作者姓名： | 程谦伟 刘小燕 孙庭广 |
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| 作者单位： | 广西科技大学生物与化学工程学院,广西 柳州,545006;广西科技大学生物与化学工程学院,广西 柳州,545006;广西科技大学生物与化学工程学院,广西 柳州,545006 |
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| 基金项目： | 广西教育厅基金资助项目,国家自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 为了研究底物谷氨酰胺(glutamine,Gln)的结合对谷氨酰胺结合蛋白(glutamine binding protein,GlnBP)运动特点的影响,采用分子对接方法研究了未结合Gln的GlnBP开放构象结构(GlnBP_O)与Gln的结合模式,获得了GlnBP_O-Gln复合物结构,然后用分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟方法研究所获得的复合物的运动模式,并与GlnBP_O的运动模式相比较.结果表明:Gln特异性地结合在GlnBP_O的大结构域上,并且Gln的结合增加了GlnBP_O的闭合运动的速度和幅度.
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| 关 键 词： | 谷氨酰胺结合蛋白(GlnBP) 分子对接 分子动力学(MD)模拟 功能性运动 |
Effect of Substrate-binding on the Functional Motions of Glutamine Binding Protein |
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| CHENG Qianwei,LIU Xiaoyan,SUN Tingguang. Effect of Substrate-binding on the Functional Motions of Glutamine Binding Protein[J]. Journal of Beijing Polytechnic University, 2017, 43(12). DOI: 10.11936/bjutxb2017050010 |
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| Authors: | CHENG Qianwei LIU Xiaoyan SUN Tingguang |
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| Abstract: | To study the effect of the binding of glutamine (Gln) on the motion characteristics of glutamine binding protein(GlnBP),molecular docking method was applied to ligand-free GlnBP in open conformation (GlnBPO). The binding site of Gln on the large domain of GlnBPOwas characterized and the GlnBPO-Gln complex was obtained. The results from the subsequent molecular dynamics (MD) simulations of the obtained GlnBPO-Gln complex and GlnBPOshow that the binding of Gln on GlnBPO enhances the close motion of GlnBPOand forms the closed conformation eventually. |
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| Keywords: | glutamine binding protein (GlnBP) molecular docking molecular dynamics (MD) simulation functional motion |
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