| 一种基于Quartet Puzzling和邻接法的进化树构建算法 |
| |
| 引用本文： | 李建伏,郭茂祖,刘扬.一种基于Quartet Puzzling和邻接法的进化树构建算法[J].计算机研究与发展,2008,45(11). |
| |
| 作者姓名： | 李建伏 郭茂祖 刘扬 |
| |
| 作者单位： | 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，黑龙江省杰出青年科学基金项目，黑龙江省自然科学基金重点项目，哈尔滨工业大学校基金项目 |
| |
| 摘 要： | 最大似然法是目前较准确的一种进化树构建方法,但是其时间复杂度非常高.在实际应用中,用分治策略实现最大似然法的Quartet Puzzling(QP)得到了人们的关注.它首先估计Quartet拓扑结构集合Q,然后利用重组技术将Q中的信息合并到一起构成一个包含所有序列的进化树.研究表明,QP的准确性不像人们所期望的那样高.如何快速有效地将Q所包含的信息融合在一起仍然是QP所面-临的一个问题.为了提高QP,结合邻接法提出一种新的进化树构建方法QPNJ.理论上,QPNJ与QP具有相同的时间复杂度.通过模拟实验将QPNJ与QP以及目前流行的进化树构建方法进行了比较.结果表明,QPNJ比QP和邻接法更准确,并且其性能不依赖于模型树的结构,从而证明了QPNJ的有效性.
|
| 关 键 词： | 进化树 最大似然法 分治算法 邻接法 |
An Evolutionary Tree Reconstruction Method Combining Quartet Puzzling and Neighbor Joining |
| |
| Li Jianfu,Gno Maozu,Liu Yang.An Evolutionary Tree Reconstruction Method Combining Quartet Puzzling and Neighbor Joining[J].Journal of Computer Research and Development,2008,45(11). |
| |
| Authors: | Li Jianfu Gno Maozu Liu Yang |
| |
| Affiliation: | Li Jianfu,Guo Maozu,, Liu Yang(School of Computer Science & Technology,Harbin Institute of Technology,Harbin 150001) |
| |
| Abstract: | Evolutionary tree reconstruction is a very important topic in biology. A reliable evolutionary tree has many important applications in medical and biological research, such as drug discovery and conservation biology. A rich variety of tree reconstruction methods have been developed, which fall into three categories: 1) maximum parsimony methods, 2) distance based methods, and 3) approaches applying the maximum likelihood principle. Maximum likelihood programs can recover the correct tree more frequently tha... |
| |
| Keywords: | Quartet Puzzling |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
