| 免疫聚类算法在基因表达数据分析中的应用 |
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| 引用本文： | 朱思峰,刘芳,柴争义.免疫聚类算法在基因表达数据分析中的应用[J].北京邮电大学学报,2010,33(2):54-57. |
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| 作者姓名： | 朱思峰 刘芳 柴争义 |
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| 作者单位： | 西安电子科技大学,计算机学院,西安,710071;周口师范学院数学与信息科学系,河南,周口,466001;西安电子科技大学,计算机学院,西安,710071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(60703107)；河南省教育厅自然科学研究计划项目(2010A520050) |
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| 摘 要： | 提出了基于免疫聚类算法的基因表达数据分析方法. 根据基因表达数据矩阵的特点，设计了改进的Consine系数来度量基因相似度；借鉴生物免疫学的有关免疫理论，利用基因表达数据分析的先验知识自适应地改变抗体本身及其与抗原亲合度的关系，构造了基于免疫优势克隆的聚类算法. 与K均值算法和遗传算法的对比实验表明，该算法能够获得较大的类内紧制度、较小的类间分离度，具有较好的工程应用价值.
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| 关 键 词： | 聚类算法 免疫优势克隆算法 基因表达数据分析 Consine系数 |
| 收稿时间： | 2009-05-23 |
Application of Immune Clustering Algorithm to the Analysis of Gene Expression Data |
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| ZHU Si-feng,LIU Fang,CHAI Zheng-yi.Application of Immune Clustering Algorithm to the Analysis of Gene Expression Data[J].Journal of Beijing University of Posts and Telecommunications,2010,33(2):54-57. |
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| Authors: | ZHU Si-feng LIU Fang CHAI Zheng-yi |
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| Affiliation: | (1School of Computer Science, Xidian University, Xian 710071, China; 2Department of Mathematics and Information Science, Zhoukou Normal University, Zhoukou, Henan 466000，China) |
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| Abstract: | An analysis method of gene expression data based on immnue clustering algorithm is presented. A modified consine coefficient is put forward to measure comparability of genes in accordance with the characteristic of gene expression data matrix. Inspired by the biology immune system，a new clustering algorithm based on immunodominance cloning(ICCA) is designed. In comparison with Kmeans algorithm and genetic Kmeans algorithm, the proposed ICCA given can achieve good class compactness and separability. |
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| Keywords: | clustering algorithm immunodominance cloning algorithm gene expression data analysis Consine coefficient |
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