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基于改进SEM算法的基因调控网络构建方法*
引用本文:葛玲玲,王浩,姚宏亮.基于改进SEM算法的基因调控网络构建方法*[J].计算机应用研究,2010,27(2):450-452.
作者姓名:葛玲玲  王浩  姚宏亮
作者单位:合肥工业大学,计算机与信息学院,合肥,230009
基金项目:国家自然科学基金资助项目(60705015);安徽省自然科学基金资助项目(070412064);合肥工业大学科学研究发展基金资助项目(070504F)
摘    要:动态贝叶斯网络(DBN)是基因调控网络的一种有力建模工具。贝叶斯结构期望最大算法(SEM)能较好地处理构建基因调控网络中数据缺失的情况,但SEM算法学习的结果对初始参数设置依赖性强。针对此问题,提出一种改进的SEM算法,通过随机生成一些候选初始值,在经过一次迭代后得到的参数中选择一个最好的初始值作为模型的初始参数值,然后执行基本的SEM算法。利用啤酒酵母细胞周期微阵列表达数据,构建其基因调控网络并与现有文献比较,结果显示该算法进一步提高了调控网络构建的精度。

关 键 词:基因调控网络    动态贝叶斯网络    贝叶斯结构期望最大化算法

Method for modeling gene regulation network based on improved structure expectation maximization algorithm
GE Ling-ling,WANG Hao,YAO Hong-liang.Method for modeling gene regulation network based on improved structure expectation maximization algorithm[J].Application Research of Computers,2010,27(2):450-452.
Authors:GE Ling-ling  WANG Hao  YAO Hong-liang
Affiliation:(College of Computer Science & Technology, Hefei University of Technology, Hefei 230009, China)
Abstract:Dynamic Bayesian network(DBN) is a powerful moedling tool for gene rugulation network.Missing data in building gene regulation network is better dealt with SEM(Bayesion structure expectation maximization) algorithm,however,the result of learning by SEM algorithm has strong dependence on the initial parameters.This paper proposed an improver SEM algorithm,which randomly generated a number of candidate initial parameters and selected the best parameter as whole model's initial parameter to execute basic SEM a...
Keywords:gene rugulation network  dynamic Bayesian network(DBN)  Bayesian structure expectation maximization algorithm
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