一个蛋白质相似性搜索问题的近似算法 |
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引用本文: | 李红武,王骁力,尚耐丽.一个蛋白质相似性搜索问题的近似算法[J].工程数学学报,2014(4). |
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作者姓名: | 李红武 王骁力 尚耐丽 |
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作者单位: | 南阳师范学院数学与统计学院; |
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基金项目: | 国家自然科学基金(41306207;51349006)~~ |
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摘 要: | 本文研究了一个蛋白质相似性搜索问题,即在满足mRNA二级结构互补约束且不含终止密码子的条件下,寻找与给定的mRNA和蛋白质有最大相似性的mRNA序列和编码氨基酸序列的问题,简称MRSOS问题.讨论了该问题的复杂性,同时,结合RNA分子二级结构的实际特征,考虑了该问题在相应结构图最大度为1的限制情形,简称为MRSOS-D1问题,讨论了此问题的复杂性,并给出了MRSOS-D1问题的7-近似算法.
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关 键 词: | 蛋白质相似性 mRNA二级结构 终止密码子 近似算法 |
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