| 基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统 |
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| 引用本文： | 孙磊,陈璇,唐红,魏李婷,姬岚洋,施胜飞,杨晓华. 基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统[J]. 计算机系统应用, 2017, 26(3): 81-85 |
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| 作者姓名： | 孙磊 陈璇 唐红 魏李婷 姬岚洋 施胜飞 杨晓华 |
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| 作者单位： | 扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127,扬州大学 信息工程学院, 扬州 225127 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（61301220）；扬州大学大学生学术科技创新基金（x2015423，x2015444） |
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| 摘 要： | 针对长非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）数据类型多样带来的有用信息提取困难的问题，提出基于基因组浏览器GBrowse（Generic Genome Browser）的多源lncRNA数据可视化系统.该系统主要包括网页服务器和lncRNA数据存储.其中，网页服务器主要由HTTP服务和GBrowse网页组件构成，支持纯文本、MySQL、SQLite等多种数据存储方式.系统实现流程包括GBrowse安装与配置、多源lncRNA数据的收集、数据预处理、数据存储、数据访问及可视化配置.原型系统收集了六种人类lncRNA数据，包括人类基因注释、基因组序列、组蛋白修饰H3K4me3信号及其位点、转录因子CTCF绑定位点信号及其位点的数据，并对数据进行了预处理.通过MySQL、SQLite等建立了lncRNA数据库，对数据的访问方式和可视化参数进行配置.实验结果表明，多源lncRNA数据在GBrowse框架下能够得到整合与可视化，并在基因组空间同时呈现，这使得研究者能够以更加直观的方式观测数据，进而建立新的科学假说.
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| 关 键 词： | 长非编码RNA 基因组浏览器 数据库 可视化 |
| 收稿时间： | 2016-06-23 |
| 修稿时间： | 2016-07-25 |
Visualization System of Multi-Source Long Non-Coding RNA Data Based on Gbrowse |
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| SUN Lei,CHEN Xuan,TANG Hong,WEI Li-Ting,JI Lan-Yang,SHI Sheng-Fei and YANG Xiao-Hua. Visualization System of Multi-Source Long Non-Coding RNA Data Based on Gbrowse[J]. Computer Systems& Applications, 2017, 26(3): 81-85 |
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| Authors: | SUN Lei CHEN Xuan TANG Hong WEI Li-Ting JI Lan-Yang SHI Sheng-Fei YANG Xiao-Hua |
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| Affiliation: | School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China,School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China,School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China,School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China,School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China,School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China and School of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou 225127, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | long non-coding RNA genome browser database visualization |
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