| 一种高密度基因芯片设计的新方法 |
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| 引用本文： | 孙啸,王晔,赵雨杰,马建明,陆祖宏.一种高密度基因芯片设计的新方法[J].电子学报,2001,29(3):293-296. |
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| 作者姓名： | 孙啸 王晔 赵雨杰 马建明 陆祖宏 |
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| 作者单位： | 东南大学生物科学与医学工程系,南京 210096 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金!(No .69971 0 1 0 ) |
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| 摘 要： | 基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列.本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想,即变长变覆盖探针优化设计方法,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致,可有效地减少碱基杂交错配,提高基因芯片检测结果的可靠性.根据上述核心思想,本文提出具体的检测目标核酸序列及其突变的基因芯片设计方法.
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| 关 键 词： | 基因芯片 探针设计 动态规划 |
| 文章编号： | 0372-2112 (2001) 03-0293-0 |
| 收稿时间： | 1999-11-30 |
A New Method of High Density Gene Chip Design |
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| SUN Xiao,WANG Ye,ZHAO Yu-Jie,Ma Jian-ming,LU Zu-hong.A New Method of High Density Gene Chip Design[J].Acta Electronica Sinica,2001,29(3):293-296. |
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| Authors: | SUN Xiao WANG Ye ZHAO Yu-Jie Ma Jian-ming LU Zu-hong |
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| Affiliation: | Dept.of Biology & Biomedical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China |
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| Abstract: | Gene chip is a kind of microarray with high density of oligonucleotide.In this paper,we present a new approach of gene chip design,by which an optimum set of oligonucleotide probes can be generated using dynamic programming.The probes have nearly the same melting temperature Tm,and are of variable length and variable overlap.The methods of designing gene chips detecting DNA mutation or SNPs are also proposed in this paper. |
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| Keywords: | gene chip probe design dynamic programming |
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