| 基于邻接的单面基因组片段填充问题研究进展 |
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| 引用本文： | 李春良,宋卫星,徐勤业,贾瀚栋,李晓峰,柳楠.基于邻接的单面基因组片段填充问题研究进展[J].计算机应用与软件,2021,38(12):1-6,49. |
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| 作者姓名： | 李春良 宋卫星 徐勤业 贾瀚栋 李晓峰 柳楠 |
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| 作者单位： | 山东建筑大学计算机科学与技术学院 山东 济南250101 |
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| 摘 要： | 伴随生物测序技术的不断发展,大量基因组片段的后续处理问题亟待解决.基因组片段填充是有效解决方法之一,受到广泛关注.基于普通序列的单面基因组片段填充问题是将缺失的基因序列填充到一个不完整基因组片段B中,得到B′,与完整的参考基因组A对比,使得A和B′之间的邻接数最大化.基于片段重叠群的该问题区别在于基因组片段通常由一组连续的片段重叠群(contig)构成,缺失基因只能在contig两端进行插入.针对这两个领域的相关问题进行深入研究,对已有算法及算法复杂性进行详细的分析与比较,为未来基因组片段填充问题的研究及生物测序技术的发展提供有价值的参考.
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| 关 键 词： | 基因组 片段填充 近似算法 邻接 断点 NP完全 |
RESEARCH PROGRESS ON ONE-SIDED GENOMIC SCAFFOLD FILLING BASED ON ADJACENCY |
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| Li Chunliang,Song Weixing,Xu Qinye,Jia Handong,Li Xiaofeng,Liu Nan.RESEARCH PROGRESS ON ONE-SIDED GENOMIC SCAFFOLD FILLING BASED ON ADJACENCY[J].Computer Applications and Software,2021,38(12):1-6,49. |
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| Authors: | Li Chunliang Song Weixing Xu Qinye Jia Handong Li Xiaofeng Liu Nan |
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