| 创建者序列重建问题MFL模型的改进算法 |
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| 引用本文： | 吴璟莉,王华,黄俊杰,梁彬彬. 创建者序列重建问题MFL模型的改进算法[J]. 小型微型计算机系统, 2013, 34(4) |
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| 作者姓名： | 吴璟莉 王华 黄俊杰 梁彬彬 |
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| 作者单位： | 1. 广西师范大学计算机科学与信息工程学院,广西桂林,541004
2. 广州军区综合训练基地75660部队,广西桂林,541002 |
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| 摘 要： | 创建者序列重建问题即根据后代基因信息推断其祖先基因信息,最大片断长度问题(the Maximum Fragment Length problem,MFL)模型是求解该问题的有效模型.Roli提出一种求解MFL模型的构造性启发式算法,该算法通过0、1取值比例来确定创建者序列的取值,且通过引入随机信息来解决0、1等比例的情形,导致求解方案的不确定性.针对该问题,提出一种有效的改进算法I-R-Heric,该算法充分利用重组体和创建者矩阵的列向0、1取值比例的相关性等启发式信息,对随机取值问题做出有效限定.实验结果显示,I-R-Heric算法能快速有效地求解MFL问题,并能获得较改进前算法更少的断点个数和更长的片段平均长度.此外,在重组体序列规模较大的情况下,I-R-Heric仍具有较高的执行效率,有很好的实用价值.
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| 关 键 词： | 创建者 重建 重组体 最大片断长度模型 |
Improved Algorithm for the Founder Sequence Reconstruction Problem MFL Model |
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| WU Jing-li , WANG Hua , HANG Jun-jie , LIANG Bin-bin. Improved Algorithm for the Founder Sequence Reconstruction Problem MFL Model[J]. Mini-micro Systems, 2013, 34(4) |
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| Authors: | WU Jing-li WANG Hua HANG Jun-jie LIANG Bin-bin |
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