| 隐马尔可夫模型的多序列比对研究 |
| |
| 引用本文： | 罗泽举,宋丽红. 隐马尔可夫模型的多序列比对研究[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(7): 171-174. DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2010.07.052 |
| |
| 作者姓名： | 罗泽举 宋丽红 |
| |
| 作者单位： | 1.重庆工商大学 长江上游经济研究中心，重庆 400067 2.重庆工商大学 计算机科学与信息工程学院，重庆 400067 3.重庆工商大学 经济管理实验教学中心，重庆 400067 |
| |
| 基金项目： | 国家“十一五”科技支撑计划重大项目资助No.2006BAJ05A06;;重庆市科委自然科学基金(No.2007BB2205);;重庆市科委重点攻关项目(No.2008AC0043)~~ |
| |
| 摘 要： | 研究一种关于隐马尔可夫模型的多序列比对，利用值和特征序列的保守性，通过增加频率因子，改进传统隐马尔可夫模型算法的不足。实验表明，新算法不但提高了模型的稳定性，而且应用于蛋白质家族识别，平均识别率比传统隐马尔可夫算法提高了3.3个百分点。
|
| 关 键 词： | 隐马尔可夫模型 多序列分析 蛋白质识别 |
| 收稿时间： | 2008-09-17 |
| 修稿时间： | 2008-12-15 |
Multiple sequence analysis of hidden Markov model |
| |
| LUO Ze-ju,SONG Li-hong. Multiple sequence analysis of hidden Markov model[J]. Computer Engineering and Applications, 2010, 46(7): 171-174. DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2010.07.052 |
| |
| Authors: | LUO Ze-ju SONG Li-hong |
| |
| Affiliation: | 1.Research Center of the Economy of the Upper Reaches of Yangtze River，Chongqing Technology and Business University，Chongqing 400067，China 2.School of Computer Science & Information Engineering，Chongqing Technology and Business University，Chongqing 400067，China 3.Economics and Management Center，Chongqing Technology and Business University，Chongqing 400067，China |
| |
| Abstract: | A new multiple sequence alignment about Hidden Markov Models(HMMs) is researched,using the conservative feature of L value and consensus sequence,by increasing frequency factor,traditional HMMs learning algorithm is improved.Experiment indicates that not only the stability of the model is improved,but also a average improvement of 3.3% is achieved for protein family recognition by comparing the new algorithm with the traditional one. |
| |
| Keywords: | hidden markov models multiple sequence analysis protein recognition |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《计算机工程与应用》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《计算机工程与应用》下载免费的PDF全文 |
