| 一种关于蛋白质模体的自动识别算法 |
| |
| 引用本文： | 蔡振辉,戈晓斐,胡磊,黄晓.一种关于蛋白质模体的自动识别算法[J].微机发展,2004,14(10):123-126. |
| |
| 作者姓名： | 蔡振辉 戈晓斐 胡磊 黄晓 |
| |
| 作者单位： | [1]武汉大学计算机学院，湖北武汉430072 [2]苏州大学计算机科学与技术系，江苏苏州215006 [3]江苏移动通信有限责任公司南京分公司，江苏南京210003 |
| |
| 摘 要： | 随着生物信息学的发展，模体识别已经成为一种能够从生物序列中提取有用生物信息的方法。文中介绍了有关模体的一些概念，讨论了模体识别算法(MEME)的基础，即EM(expectation maximization)算法，由于MEME算法是建立在EM算法的基础上的，所以又由此引出了MEME算法，并对MEME算法的一些基本问题比如时间复杂度、算法性能等进行了详细讨论，对算法的局限性和有待改进的地方作了说明。实践证明，MEME是一个较好的模体识别算法，它能够识别出蛋白质或者DNA序列中单个或多个模体，具有很大的灵活性。
|
| 关 键 词： | 模体 算法 最大期望值算法 MEME算法 |
| 文章编号： | 1005-3751(2004)10-0123-04 |
| 修稿时间： | 2004年2月26日 |
An Algorithm of Automatic Discovery of Protein Motif |
| |
| CAI Zhen-hui.An Algorithm of Automatic Discovery of Protein Motif[J].Microcomputer Development,2004,14(10):123-126. |
| |
| Authors: | CAI Zhen-hui |
| |
| Affiliation: | CAI Zhen-hui~ |
| |
| Abstract: | With the development of molecular biology,motif identification has become a method of learning valuable information from biological sequence.This paper first introduces the definition of motif,then discusses in detail the basis of MEME:EM (expectation maximization) algorithm, and because EM algorithm is the base of MEME algorithm, so the paper introduces MEME algorithm and discusses some basic problems for example time complexity and performance of the algorithm,at the same time it explains the limitations and improvements of the algorithm.It proves that MEME is a good algorithm which can identify singleor multiple motifs from protein or DNA sequence, and with great flexibility. |
| |
| Keywords: | motif algorithm EM algorithm MEME algorithm |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
