16S与gyrB基因联合建树快速鉴定一株解淀粉芽胞杆菌

在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将土壤中筛选的1株具有淀粉水解酶活性的杆菌HX2016004,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在Genbank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心具有相似16S和gyrB基因的菌株,取其16S和gyrB基因序列,采用Paup^*4. 0构建进化树。使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株聚合在1枝,分类结构准确,其中HX2016004与解淀粉芽胞杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)聚合在1枝,鉴定为解淀粉芽胞杆菌。经生理生化试验验证,该菌株与解淀粉芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便。通过对Genbank和EZBiocloud已知序列菌株的分析,16S和gyrB基因联合建树的方法普遍适用于解淀粉芽胞杆菌的鉴定。