| 地球科学大规模并行应用的重叠存储优化 |
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| 引用本文： | 陈璟锟,杜云飞.地球科学大规模并行应用的重叠存储优化[J].计算机研究与发展,2019,56(4):790-797. |
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| 作者姓名： | 陈璟锟 杜云飞 |
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| 作者单位： | 国家超级计算广州中心(中山大学),广州,510006;国家超级计算广州中心(中山大学),广州,510006 |
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| 摘 要： | 存储是地球科学类软件的重要组成部分,周期性输出中间态和检查点会带来大量的访存操作,不恰当的访存设计会严重影响软件在大规模计算时的性能表现.针对地球科学类软件的存储问题,从软件层面提出一个重叠存储优化方法,通过设置额外的I/O进程隐藏输出过程.该重叠存储优化主要有3个优势:1)将输出和计算操作重叠在一起,实现了输出的重叠化和隐藏化;2)抑制了收集通信的开销,突破了收集操作的通信带宽瓶颈和内存限制;3)能容易地使用各种高级并行输出库函数.利用重叠存储优化了天河二号上的WRF,ROMS_AGRIF,GRAPES,并完成了性能测试.结果表明:经过存储优化后,程序的峰值性能都获得了显著的提升.还讨论了在固定总进程数下,计算进程和I/O进程数的最佳比例是多少.优化后的程序与原版相比,模式专家只需要在配置文件额外设置2个新变量即可使用,十分易于学习.
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| 关 键 词： | 重叠存储 多I/O进程 进程分布 地球科学模拟 大规模并行应用 |
An Overlap Store Optimization for Large-Scale Parallel Earth Science Application |
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| Chen Jingkun,Du Yunfei.An Overlap Store Optimization for Large-Scale Parallel Earth Science Application[J].Journal of Computer Research and Development,2019,56(4):790-797. |
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| Authors: | Chen Jingkun Du Yunfei |
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| Affiliation: | (National Supercomputer Center in Guangzhou(Sun Yat-sen University),Guangzhou 510006) |
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| Abstract: | Chen Jingkun;Du Yunfei(National Supercomputer Center in Guangzhou(Sun Yat-sen University),Guangzhou 510006) |
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| Keywords: | overlap store multiply I/O processes processes distribution earth science simulation large-scale parallel application |
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