氨基酸序列的特征描述 |
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引用本文: | 靳利霞,唐焕文.氨基酸序列的特征描述[J].计算机与应用化学,2003,20(1):1-5. |
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作者姓名: | 靳利霞 唐焕文 |
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作者单位: | 大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所,辽宁,大连,116025 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(90103033) |
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摘 要: | 氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息,使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中,氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量;同时比较不同描述方法对预测结果的影响可以帮助我们理解序列与结构或序列与功能之间的关系。本文介绍了几种氨基酸序列的特征描述方法,以FDOD方程作为判别函数,比较了其中几种描述方法对蛋白质结构类预测结果的影响,发现二级结构单纯的全α类和全β类蛋白质对于氨基酸组成比较敏感,而对于混合型蛋白质,即α β类和α/β类蛋白质,考虑氨基酸残基排列顺序可以显著提高预测结果。
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关 键 词: | 氨基酸序列 氨基酸组成 特征描述 结构类预测 亚细胞定位 |
文章编号: | 1001-4160(2003)01-1-5 |
修稿时间: | 2002年5月28日 |
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