| 一种新颖的蛋白质序列可视化模型 |
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| 引用本文： | 肖绚,邵世煌.一种新颖的蛋白质序列可视化模型[J].计算机工程,2008,34(3):6-8. |
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| 作者姓名： | 肖绚 邵世煌 |
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| 作者单位： | 1. 景德镇陶瓷学院机电学院,景德镇,333001
2. 东华大学信息学院,上海,200051 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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江西省自然科学基金 |
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| 摘 要： | 利用相似规则、互补规则和分子识别理论建立一种氨基酸数字编码模型用于研究序列特征、功能预测。给出一种新的基于元胞自动机的蛋白质序列图像生成方法，其优点是考虑了氨基酸前后的相互作用，生成的图像与基因序列一一对应，许多隐藏在蛋白质序列中的重要特性通过元胞自动机图可以表现出来。基于蛋白质元胞自动机图所得到的蛋白质伪氨基酸成分，蛋白质亚细胞定位预测成功率可以达到86.4%。
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| 关 键 词： | 蛋白质序列 可视化 元胞自动机 |
| 文章编号： | 1000-3428（2008）03-0006-03 |
| 收稿时间： | 2007-05-10 |
| 修稿时间： | 2007年5月10日 |
New Visualization Model of Protein Sequence |
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| XIAO Xuan,SHAO Shi-huang.New Visualization Model of Protein Sequence[J].Computer Engineering,2008,34(3):6-8. |
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| Authors: | XIAO Xuan SHAO Shi-huang |
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| Affiliation: | (1. School of Mechanical & Electronic Engineering, Jingdezhen Ceramic Institute, Jingdezhen 333001; 2. Institute of Information, Donghua University, Shanghai 200051) |
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| Abstract: | This paper uses similarity rules, complementary rule and molecular recognition theory to set up a digital coding model of amino acid for investigation into sequence features and their function identification. Cellular automata is used to generate image representation for protein sequences. A protein sequence can be represented by a unique image, and the image considers the interactional actions between amino acids. Many important features hidden in protein sequence can be revealed through its cellular automata image. The protein subcellular location prediction rate reaches 86.4% based on the visualization model. |
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| Keywords: | protein sequence visualization cellular automata |
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